La organización Manos Limpias, personada como acusación popular en el 'caso Nóos', ha defendido la imputación de la Iinfanta Cristina de acuerdo con la 'doctrina Atutxa', es decir, a pesar de que su imputación por el juez José Castro sólo está respaldada por la acusación popular, y no por la Fiscalía.
Así lo ha manifestado la abogada de Manos Limpias, Virginia López Negrete, en declaraciones a Telecinco, donde ha asegurado que la 'doctrina Atutxa' está «ratificada y manifiesta que una acusación popular puede imputar a cualquier acusado dentro de la causa sin necesidad de la acusación particular ni del Ministerio Público».
Manos Limpias consiguió la condena del expresidente del Parlamento Vasco Juan María Atutxa ejerciendo la acusación popular en el juicio contra él y otros miembros de la Mesa de la Cámara de Vitoria por negarse a disolver el grupo parlamentario Sozialista Abertzaleak en 2003. Los tres fueron absueltos en 2006 pero en año 2008 el Tribunal Supremo estimó el recurso de casación interpuesto por Manos Limpias.
El Alto Tribunal matizó entonces la llamada 'doctrina Botín', acuñada un año antes, cuando el presidente del Santander, Emilio Botín, se benefició de la decisión del mismo tribunal de no abrir juicio oral sólo a petición de las acusaciones populares, si se oponían la Fiscalía y los perjudicados.
Atutxa sí fue condenado, aunque la única acusación que se dirigía contra él la ejercía Manos Limpias, y a pesar de que ninguna acusación particular ni el Ministerio Fiscal solicitara la imputación. En concreto, el Supremo justificó su decisión alegando que, en este caso, la naturaleza del delito de desobediencia afectaba a intereses colectivos y carecía de perjudicado concreto.