Los superiores de los cuatro acusados de torturar a dos detenidos en el cuartel de Palmanova discrepan sobre qué ocurrió aquélla noche y cómo se investigaron los hechos. En la segunda sesión del juicio declararon por un lado dos capitanes, tenientes cuando ocurrieron los hechos, que fueron los encargados tanto de la investigación interna de la Guardia Civil como de la que terminó en un juzgado de instrucción. Las defensas argumentan que los dos capitanes actuaron por animadversión hacia el sargento acusado.
El primero en declarar había sido teniente al cargo del puesto de Palmanova hasta unos días antes del incidente y, cuando ocurrieron los hechos estaba destinado en la unidad de policía judicial. Según relató, había oído algo sobre algún incidente cuando el entonces coronel Basilio Sánchez Rufo le encomendó la investigación dado que el capitán al mando de la judicial estaba de permiso. El ahora capitán explicó que le sorprendió «la concordancia de hechos y de sucesos» que había en el relato de los dos británicos. Además señaló: «Uno no es tonto. Intenté ser lo más aséptico posible». Su compañero, entonces teniente al mando en Palmanova, realizó una información reservada después de sospechar de las torturas por las sucesivas lesiones que presentaron los detenidos. Envió ese informe al coronel directamente sin pasar por su superior inmediato. Éste, el capitán Trujillo, aseguró hubo un salto en la cadena de mando y que él no veía motivos para actuar contra los acusados.
Precisamente, el fiscal pidió que se inicie una investigación judicial para esclarecer por qué esa información reservada se mutiló y llegó a la Comandancia sin incluir las declaraciones de varios agentes.
Antes había declarado la psicóloga que trató a uno de los detenidos. Relató que éste sufría un cuadro de estrés similar a de un prisionero de guerra, que tenía pánico a la Guardia Civil y pesadillas a causa de las torturas que relataba que había sufrido en el cuartel.