La decisión fue adoptada por mayoría de los vocales del Consejo, ya que doce apoyaron el reintegro y nueve votaron en contra, tras una larga deliberación que se prolongó durante más de cuatro horas. De esta forma el órgano de gobierno de los jueces estima que procede el reintegro inmediato del ex juez de la Audiencia Nacional con la obligación de solicitar destino en el primer concurso de traslados que se convoque, que será posiblemente entre los meses de junio y julio.
El Consejo acuerda además darle de alta en el escalafón con efectos de la fecha de ayer, aunque no podrá ejercer en la Audiencia Nacional en 25 años, como estableció el Real Decreto de Indulto. Además establece que el interesado perdió su condición de juez al ser condenado por el Supremo, aunque tras el indulto recupera la condición que penalmente había perdido sin que tenga que superar pruebas de ingreso en la carrera judicial.
Respecto a los antecedentes, considera que no es preciso esperar los cinco años necesarios para su cancelación, porque quedaría «anulado el indulto» y «sin efecto práctico», ya que la medida de gracia prevé el reintegro en la carrera judicial. No obstante, explica el acuerdo que también sería posible que un juez ejerciera aunque tuviera antecedentes penales no cancelados por un delito de prevaricación dolosa. El acuerdo del Pleno irá acompañado de un voto particular que formularán los ocho vocales discrepantes "los designados a propuesta del PSOE y de IU". Uno de estos, Luis Aguiar destacó la improcedencia del Consejo para pronunciarse, además de estimar que era inoportuno este reintegro porque no se había cancelado los antecedentes penales.
Para Aguiar, este asunto «ha ido directamente al Pleno sin ponencia» y opinó que «es muy grave» que el órgano de gobierno de los jueces «haya asumido una posición excesivamente próxima al Gobierno desconociendo en cierta medida lo que ha dicho la Sala Segunda y el Tribunal de Conflictos». Por su parte, el vocal que defendió la tesis de la mayoría, José Luis Requero, señaló que se adoptó «respetando a todos los que han intervenido en el procedimiento».
Gómez de Liaño regresa a la Carrera Judicial tras un paréntesis de casi tres años en los que se vio apartado de sus funciones como juez, al ser condenado a 15 años de inhabilitación por un delito de prevaricación en la instrucción del «caso Sogecable». El Supremo le impuso esta pena en 1999, aunque año y medio después el Gobierno le indultó, momento en el que se inició un conflicto entre el Gobierno y el Supremo. Javier Gómez de Liaño mostró su satisfacción por la decisión. «Debo transmitir mi sentimiento de gratitud hacia el Gobierno, que entendió que indultarme era un acto de justicia, y a toda la gente que ha confiado en mí como juez». El ex juez comentó que no sabe aún si elegirá plaza en Euskadi.