Hace unos 15.000 años que Cabrera se separó físicamente de Mallorca. Cabe recordar que unos 3.000 años antes (hace ya 18.000) el último glacial provocó que en el Mediterráneo occidental el nivel del mar asumiese cotas entre 120 y 130 metros inferiores a los actuales, uniendo de nuevo por un periodo de 3.000 años Menorca, Mallorca, sa Dragonera y Cabrera. Probablemente, esta separación y las movilizaciones ciudadanas de las décadas de los 80 y 90 han permitido que Cabrera haya escapado del urbanismo salvaje y sea actualmente uno de los tesoros naturales más valiosos de todo el Mediterráneo.
A largo de la historia, Cabrera ha tenido varios intentos de colonización. Por sus tierras han pasado púnicos, romanos, musulmenes... A finales del siglo VIII Tomàs de Vilajaona propuso colonizar Cabrera con cien familias, construir un hospicio para los militares enfermos y reclusos condenados a trabajos forzosos para ayudar a las tareas agrícolas y a la construcción de obras públicas. Sin embargo, esta iniciativa fue rechazada por la Corona.
Posteriormente, el Archipiélago vivió uno de los acontecimientos más tristes de su historia, ya que durante la guerra de la Independencia (1808-1814) se convirtió en la prisión de miles de soldados del ejército del general Dupont derrotados en la batalla de Bailén el 22 de julio de 1808. Se calcula que pasaron por la Isla más de 9.000 prisioneros durante los cinco años que duró el cautiverio, de los que sólo unos 3.500 volvieron con vida a Francia, tras la caída de Napoleón.
En 1878 Cabrera, que era propiedad de la familia Fontirroig, pasó a manos de la familia Umbert; y en 1891 a la familia Feliu. Esta última intentó poner en marcha un proyecto de explotación con la creación de la colonia agrícola Vil·la Cristina, donde la viña se convirtió en el principal cultivo de la Isla. Sin embargo, este proyecto fracasó por la recuperación de las viñas francesas, lo que favoreció la expropiación del Archipiélgo de Cabrera por parte del Estado en el marco de la Primera Guerra Mundial (1914-1918). Con la excusa de la entrada de un submarino alemán al puerto de Cabrera, lo que violentaba la neutralidad española en el conflicto, una Real Orden del 7 de julio de 1916 determinaba la expropiación de la familia Feliu a cambio de 362.148 pesetas. Bajo la propiedad del Ministerio de Guerra continuaron los arrendamientos a los payeses mallorquines, que mantuvieron los tradicionales usos agrícolas. En los años sesenta, la amenaza de una reprivatización del Archipiélago, que parecía que llevaría a su urbanización, lo que suscitó fuertes movimientos de protesta que pretendían conseguir su protección. En los años 80, el trabajo del GOB y Greenpeace, la presión popular (en forma de múltiples manifestaciones) y la iniciativa legislativa del Parlament balear consiguieron encauzar un proceso que concluyó el 29 de abril de 1991, cuando las Cortes españolas declararon el Archipiélago de Cabrera Parque Nacional.
El 26 de julio de 2009 ha pasado ya a la historia, ya que el Consejo de Ministros aprobó un Real Decreto por el que se traspasa la gestión del Parque Nacional marítimo terrestre del Archipiélago de Cabrera al Govern balear.