Balears es la comunidad autónoma de España con más proyectos aprobados dentro del programa europeo Interreg para el periodo 2000-2006, una iniciativa que tiene como principal objetivo impedir que las fronteras nacionales sean un obstáculo para desarrollo equilibrado y la integración de todos los territorios en la Unión Europea. Las 36 iniciativas en las que participa el archipiélago balear, tres como «líder» y el resto como «socio», tienen un presupuesto conjunto de 4,4 millones de euros, la mitad aportados por la Unión Europea con cargo a los fondos Feder. Los proyectos abarcan temas de diferentes ámbitos como por ejemplo la investigación y desarrollo, biodiversidad y medio ambiente, transportes, litoral, turismo o gestión de emergencias.
Uno de los proyectos liderados por el Govern, a través de la Conselleria d'Economia, Hisenda i Innovació, es el programa ROL, que pretende unificar en una misma página web toda la información regional que un ciudadano o una empresa necesitarán a lo largo de su vida: información administrativa, transportes, territorio, entre otras. Este proyecto cuenta con un presupuesto de 469.213 euros financiado a partes iguales por el Govern y la UE. Otro de los proyectos dirigidos por Balears, en este caso por parte de la Conselleria de Medi Ambient, es el programa Medwet/regiones, que tiene como finalidad promocionar la conservación y la utilización sostenible de las zonas húmedas y conseguir una gestión integrada.
El tercer proyecto dirigido por Balears, por la dirección general de Recerca, Desenvolupament Tecnològic i Innovació, es el programa Isnova, que tiene por objetivo crear un centro tecnológico virtual que permita que apoye las regiones insulares en materia de innovación y desarrollo tecnológico. La cifra de proyectos en los que participa Balears dentro programa europeo Interreg podría aumentar en los próximos meses, ya que existen nuevos proyectos en fase de aprobación.