De hecho, el actual Govern quiere hablar de déficit presupuestario y no de «agujero» y el titular de la Conselleria d'Hisenda rechazar descargar toda la responsabilidad de esta situación a su antecesor, el socialista Joan Mesquida. Según ha trascendido, el mayor «agujero» financiero se ha detectado en la Conselleria de Salut debido al abono de la homologación salarial de los funcionarios correspondiente a los ejercicios 2002 y 2003. El décifit presupuestario en este departamento ronda los 130 millones de euros. En la Conselleria d'Educació también se ha registrado otro déficit presupuestario de unos 40 millones. En este departamento el «agujero» financiero se ha producido por la homologación salarial y por el plan de obras de nuevos centros escolares.
La auditoría encargada por el Ejecutivo balear revela la existencia de un crédito de 800.000 euros sin partida presupuestaria para abonar las obras del Sector Naval. En este inmueble se instalará la futura sede de Vicepresidència del Govern. En Obres Públiques se ha descubierto una partida sin cubrir de 5'8 millones de euros para cubrir el déficit de Serveis Ferroviaris de Mallorca. En Turisme, según fuentes de la Conselleria d'Hisenda, se han gastado más de 4 millones de euros no presupuestados para inversiones reales en Enturib. En Comerç i Indústria existe un exceso de gasto presupuestario derivada de subvenciones concedidas por la Direcció General de Promoció i Comerç por un total de 2'4 millones de euros. Esta cantidad económica sirvió para equilibrar la situación financiera y patrimonial de la empresa pública Fires i Congressos, según la auditoría encargada por el departamento que dirige Lluis Ramis de Ayreflor.
La auditoría externa también ha encontrado partidas sin presupuestar en la Conselleria de Treball y en la Conselleria de Medi Ambient. En la Conselleria d'Educació, además de los 40 millones de euros no presupuestados para sueldos y obras, se descubrió un desfase financiero en el Consorci per al Foment del us de la llengua catalana (COFUC) por un total de 838.681 euros. En la desaparecida Conselleria de Benestar Social la auditoría también ha descubierto un «agujero» de casi 10 millones de euros. En IBAS se ha producido un desfase financiero de 6 millones de euros. En concreto, el anterior Govern no presupuestó un gasto comprometido para construir dos residencias de la tercera edad en las Pitiusas. El Ejecutivo también tuvo que recurrir a las pólizas de crédito disponibles para costear el funcionamiento de todos los centros del IBAS, que sólo tenían consignación presupuestaria para los primeros seis meses del año. La intención del Govern era transferir esta competencia el 1 de julio, pero problemas con el Consell de Mallorca retrasaron el traspaso de la competencia. Sin embargo, el Govern ha tenido que mantener el gasto durante seis meses de una competencia que mantendrá hasta final de año.