Chen, del Partido Demócrata Progresista (PDP), alcanzó la presidencia con el 39'30 por ciento de los votos. El ex alcalde de Taipei y presidente electo defiende la independencia de Taiwán, con lo que ha entrado en conflicto con Pekín, que considera a la isla una «provincia rebelde». La larga campaña electoral ha estado jalonada de amenazas de Pekín que, sin embargo, no ha logrado con sus advertencias de invasión hacer mella en la decisión del electorado taiwanés.
La participación del premio Nobel de Química de 1986, Lee Yuan-tse, en favor de Chen Shui-bian durante la última semana de la campaña electoral ha sido decisiva para el triunfo del candidato del PDP. Por detrás de Chen se situaron el independiente James Soong, con el 36'82 por ciento provisional de los votos, y el vicepresidente Lien Chan, con el 23'25 por ciento. La derrota de Lien supone una recomposición del panorama político de Taiwán, donde el Kuomintang mantenía una posición dominante e indiscutible desde 1945, cuando Japón entregó la isla a China.
En sus primeras declaraciones tras la victoria electoral, Chen Shui-bian invitó al presidente de China, Jiang Zemin, al primer ministro, Zhu Rongji, y al negociador Wang Daohan a visitar la isla. Tranquilizó a los taiwaneses y prometió que se esforzará por conseguir un acercamiento pacífico a China en esta nueva etapa de la historia política de la isla. Chen también expresó su deseo de viajar a China continental antes de tomar posesión de su cargo, el próximo 20 de mayo, para negociar con las autoridades de Pekín un acuerdo permanente de paz.