L'origen de l'actual església castrense de Santa Margalida, al carrer de Sant Miquel de Palma, i de l'antic convent de monges agustines del mateix nom, ocupat al segle XIX per l'Hospital Militar, prové de la instal·lació en aquest indret dels frares franciscans, poc després de la conquesta de Jaume I. Els franciscans ja eren a Mallorca l'any 1232, encara que, segons A. Campaner, al seu «Cronicón Mayoricense», participaren en la conquesta «y les dió el rey, el 1230, un huerto de su porción, dentro de esta Ciudad, llamado Riat Aboabdille Abnazac, donde fundaron su convento, como se ve en el libro del general repartimiento, y no fuera de la Ciudad como dice nuestro cronista Dameto, el cual convento ampliaron después de 1238 con una jabonería junto a dicho huerto que les dió el rey». Efectivament, aquest hort situat a prop de la porta de l'Esvaïdor o de la Conquesta, el 1232 correspongué als franciscans: «la on son los frares menors», diu el Llibre del Repartiment. Ben a prop, hi havia una saboneria ‘sarraïnesca' que fou donada en el Repartiment als frares premonstratesos de Santa Maria de Bellpuig, els quals es varen desplaçar a Artà poc després; aquests immoble passà a ampliar la fundació franciscana, amb una primera comunitat formada per cinc frares arribats de Roma. El convent era denominat de les Llagues del venerable Sant Francesc, amb l'església consagrada l'any 1244. Segons Jovellanos, el 1256 el convent encara es trobava en obres. L'any 1279 els franciscans permutaren aquest convent pel de les monges de Santa Margalida, situat a la plaça del Mercat, al casal anomenat actualment Can Berga. Els franciscans no arrelaren en aquesta nova ubicació, ja que a principi de 1281 bastiren definitivament el seu convent en l'indret que encara avui ocupen. Les agustines donaren el nom de Santa Margalida al que havia estat convent franciscà i hi romangueren fins que foren exclaustrades l'abril de 1836 per la Desamortització, i passaren al convent de la Concepció. L'antic convent fou gairebé completament desmantellat i el seu solar destinat primer a magatzem i després a hospital militar.
L'octubre de 1263 -o potser de 1264-, Ramon Llull va sentir predicar un sermó sobre la vida de sant Francesc, de qui el bisbe explicava com havia deixat totes les seves possessions a fi de seguir més fidelment el camí de Crist. Diu la «Vida coetània»: «En aquestes saons arribà la festa d'aquell gloriós serafí mossènyer sant Francesc i el reverend mestre oí el sermó d'un bisbe qui predicava en la dita festa, exposant com el sant havia abandonat totes les coses mundanes i s'havia entregat totalment al servei de la creu, fins al punt de plantejar-se vendre les seves possessions i fer el mateix» . Com diu Jordi Gayà: «L'exemple de sant Francesc va incitar Ramon Llull i llavors va vendre ràpidament les seves possessions, reservant-ne, una petita part per a la seva dona i els seus fills». Versemblantment, Llull escoltà aquest sermó a l'antiga església dels franciscans -Sant Francesc Vell-. De fet, el P. Pasqual cita una versió de la «Vida coetània» que explícitament situa el sermó a l'església dels franciscans: «Oyendo el sermón que del santo en su presència predicó un obispo, en la iglesia de los frailes menores de la ciudad de Mallorca».