El origen de la actual iglesia castrense de Santa Margalida, en la calle Sant Miquel de Palma, y del antiguo convento de monjas agustinas del mismo nombre, ocupado desde el siglo XIX por el Hospital Militar, proviene de la instalación en este lugar de los frailes franciscanos, poco después de la conquista de Jaime I. Los franciscanos ya estaban en Mallorca en 1232, aunque, según A. Campaner, en su «Cronicón Mayoricense», participaron en la conquista «y les dió el rey, en 1230, un huerto de su porción, dentro de esta Ciudad, llamado Riat Aboabdille Abnazac, donde fundaron su convento, como se ve en el libro del general repartimiento, y no fuera de la Ciudad como dice nuestro cronista Dameto, el cual convento ampliaron después de 1238 con una jabonería junto a dicho huerto que les dio el rey». Efectivamente, este huerto estaba situado cerca de la puerta del Esvaidor o de la Conquista, que en 1232 correspondió a los franciscanos: «allá donde están los frailes menores», dice el Llibre del Repartiment. Muy cerca, había una jabonería 'sarracena' que fue dada en el Repartiment a los frailes premonstrateses de Santa María de Bellpuig, los cuales se desplazaron a Artà poco después; este inmueble pasó a ampliar la fundación franciscana, con una primera comunidad formada por cinco frailes llegados de Roma. El convento era denominado de las Llagues del venerable San Francesc, cuya iglesia fue consagrada en 1244. Según Jovellanos, en 1256 el convento todavía se encontraba en obras. En 1279 los franciscanos permutaron este convento por el de las monjas de Santa Margalida, situado en la plaza del Mercat, en el casal llamado actualmente Can Berga. Los franciscanos no arraigaron en esta nueva ubicación, ya que a principios de 1281 construyeron definitivamente su convento en el lugar que todavía hoy ocupan. Las agustinas dieron el nombre de Santa Margalida al que había sido convento franciscano y permanecieron allí hasta que fueron exclaustradas en abril de 1837 por la Desamortización, y pasaron al convento de la Concepción. El antiguo convento fue casi completamente desmantelado y su solar destinado primero a almacén y después a hospital militar.
En octubre de 1263 -o quizás de 1264-, Ramon Llull oyó predicar un sermón sobre la vida de san Francisco, de quien el obispo explicaba cómo había dejado todas sus posesiones a fin de seguir más fielmente el camino de Cristo. Dice la «Vida coetánea»: «A la sazón llegó la fiesta de aquel glorioso serafín sacerdote san Francisco y el reverendo maestro oyó el sermón de un obispo, que predicaba en dicha fiesta, exponiendo cómo el santo había abandonado todas las cosas mundanas y se había entregado totalmente al servicio de la Cruz, hasta el punto de plantearse vender sus posesiones y hacer lo mismo». Como dice Jordi Gayà: «El ejemplo de san Francisco incitó a Ramon Llull y entonces vendió rápidamente sus posesiones, reservando una pequeña parte para su mujer y sus hijos». Verosímilmente, Llull escuchó ese sermón en la antigua iglesia de los franciscanos -Sant Francesc Vell-. De hecho, el P. Pasqual cita una versión de la «Vida coetánea» que explícitamente sitúa el sermón en la iglesia de los franciscanos: «Oyendo el sermón que del santo en su presencia predicó un obispo, en la iglesia de los frailes menores de la ciudad de Mallorca».