Ni Manuel ni María detectaron a tiempo lo que había pasado y luego acostaron al niño, que quedó sumido en un profundo sueño. Sobre las dos de la madrugada la madre cogió en brazos a su hijo, preocupada porque no se movía. Lo zarandeó y la criatura tampoco reaccionó. Rápidamente avisó a su marido y la pareja lo llevó al PAC (Punto de Asistencia Continuada) del pueblo. El médico de guardia sólo pudo certificar el fallecimiento y calculó que llevaba al menos tres horas sin vida.
Desde el centro médico se dio aviso a la Policía Local y los agentes municipales, a su vez, contactaron con la Guardia Civil. Agentes del cuartel de Santanyí interrogaron a la pareja, que estaba destrozada y no paraba de llorar. La madre se encontraba en estado de shock y acertó a comentar que el envase de metadona estaba vacío y que, en un principio, habían pensado que se había caído accidentalmente al suelo, no que lo había cogido el niño. Así pues, la hipótesis principal es que la muerte se produjo por un coma provocado por la ingestión de metadona.
Los agentes inspeccionaron la vivienda de la Ronda Catalunya y precintaron el envase de metadona. El cadáver de Samuel fue trasladado al instituto anatómico forense, para que le efectuaran la autopsia, y mientras tanto los padres fueron arrestados por la Policía Judicial de la Guardia Civil de Manacor, que se hizo cargo de la investigación. Un vehículo policial los trasladó a las dependencias beneméritas y tras ser identificados los ingresaron en los calabozos de la Policía Local, vigilados de cerca para que no intentaran autolesionarse. De hecho, ambos estaban destrozados, especialmente la mujer.