El Centro Superior de Investigaciones Científicas (CSIC) cree que todavía no es «conveniente utilizar como potable» el agua del río Tajo, tras el vertido de fuel-oil procedente de la central térmica de Aceca. Ante las acusaciones de Ecologistas en Acción, el presidente de la Confederación Hidrográfica del Tajo, José Antonio Llanos, negó haber ordenado un aumento del caudal para cubrir, y añadió que aun se desconoce si la muerte de los peces fue por efecto del vertido «o porque les tocaba».
El CSIC cree, en contra de lo que manifestó la Confederación Hidrográfica del Tajo, que el agua del Tajo todavía «no conviene utilizarla como potable», ya que el hidrocarburo no es soluble en el agua y la corriente puede haber arrastrado una pequeña parte. El CSIC mantiene que los daños causados por el vertido se van a limitar a «la zona que esté en contacto con el agua» y al olor que tendrá el agua durante cierto tiempo, aseguró que el vertido no ha sido intencionado, sino que se ha debido a «una serie de errores que se producen en cualquier actividad».
En cuanto al daño sufrido por la flora y la fauna tras el vertido, la Confederación y los ecologistas también mantienen posturas contrarias. Según la versión ecologista, 16 especies han aparecido muertas o afectadas por el vertido y se espera que a largo plazo continúen las muertes de animales. Sin embargo, desde la Confederación se aseguró que sólo han aparecido «dos o tres» aves muertas.