El presidente del Gobierno, que aseguró no conocer el informe de la Academia, calificó de «asombrosa» la decisión del Gobierno vasco de presentar una querella contra la institución por sus conclusiones sobre la enseñanza de la Historia. Aznar, que argumentó que la enseñanza de las Humanidades es un problema en todos los países, manifestó que explicar dónde nace o por dónde pasa el Ebro o quiénes son los Reyes Católicos o Carlos III no es hacer política. Según el jefe del Ejecutivo, los niños deben aprender más Historia de España además de la de su comundidad.
Por otro lado, las ikastolas se defendieron de las acusaciones asegurando que la Academia no utilizó sus libros para elaborar el informe, que calificaron de «burdo y sesgado». El presidente de la Confederación de Ikastolas, Iñaki Etxerarreta, explicó que el informe alude a un libro en castellano «cuando las ikastolas no utilizan libros en castellano para la enseñanza de las ciencias sociales». Además, aseguró que en sus textos sí se utiliza el concepto de España como un «término conceptual, geográfico e institucional».
Mientras, el delegado del Gobierno en Euskadi, Enrique Villar, considera que la educación que se imparte en las ikastolas, las escuelas vascas de enseñanza en euskera, está relacionada con la violencia urbana en esta comunidad, la denominada «kale borroka» o violencia callejera. Villar indicó que «lo único que veo es que en la 'kale borroka', y esto puede ser una casualidad, el 99'9 por ciento coinciden con nombres de origen euskera. No sé si esto influye o no, pero evidentemente los Asier, los Aitor abundan en el 99'9 %».