En su discurso en la ceremonia de bienvenida, el Papa ha afirmado que «nadie puede ignorar cuánto tuvo que sufrir el pueblo palestino en las últimas décadas». «Vuestro sufrimiento está ante los ojos del mundo y ha durado demasiado», añadió Juan Pablo II. El Papa reconoció implícitamente el derecho de los palestinos a tener su propio Estado al recordar que «mis predecesores y yo hemos proclamado reiteradamente que no habrá fin al trágico conflicto en Tierra Santa sin garantías estables de los derechos de los pueblos implicados, de acuerdo con la legislación internacional y con las principales resoluciones y declaraciones de Naciones Unidas».
El pueblo palestino «tiene el derecho natural a tener una patria y el derecho a poder vivir en paz y tranquilidad con los otros pueblos de esta zona» concluyó el pontífice. Junto a Juan Pablo II, el presidente palestino, Yaser Arafat, escuchaba con atención, visiblemente satisfecho, después de haber dado la bienvenida al Papa a la «tierra de Palestina».
Arafat agradeció a Juan Pablo II una visita que supone un claro respaldo a las aspiraciones palestinas de tener un Estado independiente. «El pueblo palestino valora enormemente vuestra posición en apoyo de su causa y de su justa presencia en su patria como un pueblo soberano e independiente», añadió Arafat.
«Su presencia en Belén, en la Jerusalén ocupada y en un campo de refugiados demuestra su respaldo a la justicia para con el pueblo palestino», ha afirmado Arafat, introduciendo así el elemento político y reivindicativo sobre Jerusalén Este, la parte árabe de la ciudad, anexionada por los israelíes y en la que se aloja el Papa. El discurso del Papa provocó una doble reacción en el Gobierno israelí. El ministro del Interior, Ben Ami, criticó en un primer momento de forma dura las referencias del Papa a la patria palestina, pero horas después el ministro cambió de registro y calificó el discurso de «sensato y equilibrado». Una destacada fuente gubernamental israelí expresó «una satisfacción relativa» por el discurso del Papa.
Tras la ceremonia oficial de bienvenida, el «papamóvil» ha trasladado de nuevo a Juan Pablo II a través de las calles de Belén hasta la plaza del Pesebre, frente a la basílica de la Natividad.