La Direcció Insular de Patrimoni envió el 8 de septiembre de 2021 un informe al Ajuntament de Pollença exigiendo que se catalogara el Hotel Formentor incluyendo «como mínimo» todos los espacios interiores y exteriores conservados del histórico hotel. Para entonces el hotel llevaba más de tres meses en obras y la demolición (ahora integral) se encontraba bastante avanzada. Apenas se mantenían los muros exteriores. «No se entiende que Patrimoni no dijera nada antes y que ahora pida la protección cuando ya no queda nada en el interior», dijo el entonces alcalde Tomeu Cifre y actual regidor de Urbanismo.
El informe de Patrimoni era claro: «Más allá de los posibles aspectos constructivos Formentor y su hotel son una parte sustancial de la reciente historia social, cultural y económica de la Isla. Por este motivo, al margen de las características estrictamente físicas, este establecimiento hotelero presenta unos valores culturales y una significación simbólica como un establecimiento hotelero emblemático de primer orden a nivel internacional que le confieren una singularidad especial y lo hacen merecedor de su incorporación en el catálogo».
El informe llegaba en el marco de la tramitación de la aprobación del Catálogo municipal de Patrimonio. El Consell suspendió el catálogo señalando múltiples deficiencias y el alcalde anunció que batallaría en los tribunales contra su suspensión. El texto rechazado por el Consell incluía alguna joya de la arquitectura contemporánea no protegida hasta entonces como Casa Huarte (también en Formentor) pero no contemplaba ninguna medida de protección para el emblemático hotel.
En julio de 2021, días después de que el alcalde firmara la primera licencia de reforma del hotel Junts Avançam (en la oposición) registró un escrito en el Ajuntament de Pollença instando a remitir a Patrimoni la licencia de reforma integral para que informara sobre si esta debía ser revisada teniendo en cuenta que el establecimiento está ubicado en el Paisaje Pintoresco de Formentor que refleja la normativa urbanística local. Esta figura de protección paisajística es equivalente a Un Bien de Interés Cultural. Tomeu Cifre rechazó entonces enviar la licencia que había concedido en junio con todos los informes técnicos y jurídicos favorables. Recordó que «en el caso de Villa Cortina ya se pidió un informe a Patrimoni por el mismo motivo del Paisaje Pintoresco y Patrimoni contestó que no tenía nada que hacer».
Cabe recordar que la licencia de construcción de Villa Cortina acabó siendo anulada por los tribunales debido a su «impacto visual». No obstante la propiedad batalló para mantener el grueso de la edificación que durante el proceso de legalización finalmente solo tuvo que sustituir su cubierta plana por una inclinada de teja y mitigar el impacto con barreras de vegetación. En el caso del Hotel Formentor, donde el planeamiento urbanístico está suspendido precisamente por el caso Villa Cortina, la propiedad obtuvo primero licencia de reforma integral y posteriormente una licencia de ampliación y reforma integral. Lo hizo después de que el Parlament aprobara la Ley 2/2020 de 15 de octubre para la reactivación económica, que permite ampliar los establecimientos turísticos en un 15 % en Mallorca.
Aunque el Ajuntament de Pollença mostró inicialmente sus dudas de que el Hotel pudiera ampararse en la Ley 2/2020 pese a tener el planeamiento urbanístico suspendido, finalmente Turisme dio el visto bueno al proyecto de reforma y ampliación. Con todos los informes técnicos y jurídicos a favor el entonces alcalde Tomeu Cifre firmó en mayo de 2022 la nueva licencia de reforma y ampliación. Tal y como ha publicado Ultima Hora el hotel está siendo objeto ahora de una demolición integral y según Cifre «será reconstruido con la máxima fidelidad manteniendo la esencia del original».