La responsabilidad de regular los aspectos derivados del uso de la bahía de Pollença por parte de aeronaves civiles no es del Ministerio de Defensa sino que recae en otros organismos de carácter civil. El Ministerio de Defensa sí autorizó en 2016 un «amerizaje puntual» el 4 de junio de 2016 por parte de la Fundació Aeronáutica Mallorquina y el estacionamiento de hidroaviones civiles de dicha fundación en la plataforma del aeródromo los días 7,8 y 9 de octubre de 2016.
Así se lo ha comunicado el Ministerio de Defensa al Ajuntament de Pollença en respuesta a una moción aprobada en pleno en octubre en contra el amerizaje de hidroaviones civiles en la bahía. El acuerdo de pleno hacía constar la «indignación» del Ajuntament «por la autorización del Ministerio de Defensa de la utilización de la bahía para el amerizaje de hidroaviones». La moción se aprobó solo unas semanas después de que el primer hidroavión civil amerizara en la bahía de Pollença, un hecho que la Fundació Aeronáutica Mallorquina presentó como un hito histórico.
La Fundación remitió a Defensa el 1 de junio un escrito en el que describía sus planes de compartir el uso de la hidrosuperficie a la vez que pedía autorización expresa para un amerizaje día 4. Defensa contestó que «no existe inconveniente en que se lleve a cabo el proyecto presentado» y autorizó el amerizaje del día 4.