Las dunas de Cala Mesquida podrían desaparecer en pocos años si no se da una solución a la continua degradación que padece este sistema. Así lo ha denunciado el Grup d'Ornitologia Balear (GOB), que exige a la Demarcación de Costas que tome cartas en el asunto y que ponga en marcha un proyecto de recuperación y conservación que existe desde hace dos años y que todavía no se ha ejecutado.
El mayor impacto que padece este sistema y que amenaza con desmantelarlo en unos años, es el tránsito de personas a pie, a caballo o sobre vehículos motorizados . El grupo ecológico manifiesta que «este tránsito abre senderos entre la vegetación y contribuye al descalzamiento de plantas y de otras especies vegetales que fijan las dunas. El resultado es la eliminación de las comunidades vegetales que fijan el frente dunar y la pérdida de estabilidad de las dunas, que quedan desprotegidas ante el viento».
El sistema dunar de Cala Mesquida está protegido pues los terrenos son Àrea Natural de Especial Interés y se encuentra en el ámbito del Parc Natural de la Península de Llevant.