Isidoro Álvarez fue distinguido por su labor al frente de El Corte Inglés en numerosas ocasiones. Fue galardonado, entre otros, con el premio 'Ejecutivo del Año' de la revista Mercado (1989), el Juan Lladó (1995), el Tiépolo de la Cámara de Comercio italiana (1996) y con la Medalla de Oro de la Comunidad de Madrid (1998), entre otros.
También recibió con la Medalla de Oro de la Asamblea Iberoamericana de Cámaras de Comercio (2000) y la de la Real Academia de Medicina (2002).
Fue nombrado Comendador Gran Oficial de la Orden del Mérito de la república Italiana (2002), 'Empresario del Año' de la revista Actualidad Económica (2002), recibió la Medalla de Plata de la Guardia Civil y la Cruz Roja del Mérito Policial Honorífica (2003), la de Oro de la Academia de la Historia (2004) y el premio al mejor empresario comercial internacional del año 2005 (International Retailer of the Year).
Además, en 2006 recibió la medalla de oro al Mérito en el Trabajo y en noviembre de ese año fue nombrado Colegiado de Honor por el Colegio de Economistas de Madrid.
También fue destacado en 2007 como el mejor empresario por la Cámara de Comercio de Madrid y ese mismo año recibió el «Premio Moscón de Oro Nacional-Internacional» otorgado por sus paisanos del municipio ovetense de Grado.
El Principado de Asturias le concedió en 2008 la medalla de oro, mientras que en enero de 2013 Álvarez recibió, en Portugal, la condecoración de Gran Oficial de la Orden del Mérito Empresarial en su categoría de Mérito Comercial.