El responsable de los comandos de ETA, Garikoitz Aspiazu Rubina, 'Txeroki', cruzó la frontera desde Francia en dos ocasiones, durante el periodo de alto el fuego, para dar instrucciones al 'comando Elurra' sobre los atentados de la T-4 y el frustrado en Oropesa de Mar (Castellón). Ambas citas se produjeron en el monte Auza, en Navarra, y a ellas acudió en compañía del etarra que dirigía el comando desde Francia, José Antonio Aranibar, según las declaraciones de Mattin Sarasola.
Aspiazu Rubina ordenó al 'talde Elurra' atentar contra la T-4 a principios de octubre de 2006. El presunto jefe de ese talde, Mattin Sarasola, se contradijo en sus declaraciones a la Guardia Civil tras ser detenido, asegurando en una ocasión que la cita se produjo en verano, mientras que en otra afirmó que fue a principios de otoño. La investigación ha concluido que ese encuentro se produjo en los primeros días del mes de octubre.
El mes de julio anterior, el denominado 'proceso de paz' había sufrido uno de sus reveses más importantes al rechazar la banda que comenzasen en la época estival los contactos ETA-Gobierno, mientras no se pusiese en marcha la llamada 'mesa política'. A pesar de ello, en septiembre comenzaron las reuniones del santuario de Loyola a tres bandas, con PSE, PNV y Batasuna, en las que se alcanzó un principio de acuerdo. Sin embargo, la exigencia de ETA de que éste incluyese la creación de un órgano común de País Vasco y Navarra con capacidad legislativa en los dos años siguientes provocó la crisis de los contactos.
A principios de octubre, 'Txeroki' abandonó su refugio en Francia cruzando la frontera y acudiendo, en persona, a la primera cita en el monte Auza, en la que indicó al comando «cómo llevar a cabo la acción, cómo desplazarse hasta el lugar y cómo moverse por la zona». 'Txeroki' también les pidió que estudiasen por su cuenta los «itinerarios de acceso» a la nueva terminal de Barajas, por lo que en vehículo particular de Mikel San Sebastián viajaron a la capital de España éste, Igor Portu y el propio Sarasola. En un segundo viaje, Sarasola y Portu, ésta vez con un coche alquilado en Irún, llegaron a aparcar en el aparcamiento de la T-4 y ensayaron la ruta de huida, tomando allí un taxi hasta San Sebastián de los Reyes y otro de vuelta a la terminal del aeropuerto.
Después de estos dos ensayos, los presuntos etarras mantuvieron otro encuentro con 'Txeroki' y Aranibar, sin que se especifique en la declaración dónde o cuándo. En esa reunión, el jefe de los comandos les dio más detalles, entre ellos el modo en que debían adquirir los teléfonos móviles con los que comunicarse entre ellos y reivindicar la acción.