El CNI comenzó a investigar los supuestos vuelos de la CIA para el traslado de presuntos terroristas a partir de las informaciones publicadas en marzo de 2005, sin encontrar indicios de delito o actividades ilegales en territorio español.
Así lo puso de manifiesto el director del CNI (Centro Nacional de Inteligencia), Alberto Saiz, durante su comparecencia a puerta cerrada durante más de tres horas ante la Comisión de Secretos Oficiales del Congreso.
Al término de la comparecencia, IU-ICV se mostró «insatisfecha» de las explicaciones de Saiz, y Joan Herrera, portavoz de IU-ICV que asistió a la comisión, anunció que pedirá la desclasificación de los informes. Para el grupo socialista, los datos aportados confirman la versión del Gobierno.
Las mismas fuentes informaron de que el director de los servicios secretos españoles explicó que el CNI, en sus investigaciones, no ha encontrado indicios de delito o actividades ilegales, y que tampoco se ha determinado que se registraran vuelos tapaderas.
En su comparecencia, admitió que se registraron escalas de aviones de la CIA en aeropuertos españoles y concretó que el servicio de inteligencia norteamericano en estos casos denunciados no informó a las autoridades españolas de que sus vuelos sirvieran para el traslado de presuntos presos acusados de terrorismo.