El Gobierno vasco y Batasuna coincidieron en afirmar que la decisión del juez Fernando Grande-Marlaska de ampliar las imputaciones a dirigentes de Batasuna no favorece «el proceso de paz», que esta formación ilegalizada considera está en «situación muy delicada» a causa del PSOE. La portavoz del Gobierno vasco, Miren Azkarate, afirmó que esa resolución del magistrado de la Audiencia Nacional «no va a ayudar al proceso de paz», mientras que su homólogo en Batasuna, Pernando Barrena, opinó que «lo grave» de dicho auto judicial no son tanto las citaciones como «la intención» que persigue: el «mero desarme de ETA y punto final».
Azkarate, quien se encontraba en Elorrio (Vizcaya) para asistir a la fiesta anual de las ikastolas vizcaínas, consideró «incomprensible» que el presidente del Gobierno, José Luis Rodríguez Zapatero, «anuncie que da por verificado el final de la violencia y que, por tanto, va a comunicar a los partidos que va a iniciar el diálogo con ETA» y, paralelamente, «se cite a los dirigentes de Batasuna» a declarar por nuevos presuntos delitos de amenazas de terrorismo.
Barrena, en una entrevista publicada por el diario «Gara», calificó estas citaciones como «provocación en toda regla» y la atribuyó a la «iniciativa de la Fiscalía y del Gobierno español».Tras manifestar que la decisión del juez Grande-Marlaska no es un «accidente», el portavoz de la ilegalizada Batasuna indicó que el motivo de dicha resolución no consiste en llevar a la cárcel a los dirigentes de la formación, sino en conducir el proceso a un «espacio de diálogo técnico-político que perseguiría el mero desarme de ETA y punto final». Barrena afirmó, además, que el proceso abierto con motivo del anuncio de alto el fuego de ETA se encuentra en estos momentos en «una situación muy delicada porque el PSOE lo está bloqueando». Y acusó al Gobierno central de «desnaturalización» del proceso.