La explosión se produjo en torno a las 9.30 horas, en la esquina de la calle Rufino González con Alcalá, en el distrito de San Blas, muy cerca de la boca de Metro de Suances y enfrente de un concesionario Opel. La sede del diario 'El País' se encuentra en las proximidades.
Unos 30 minutos antes, la Policía ya se encontraba en la zona para acordonarla, después de que, a las 8.45 horas, un comunicante anónimo alertara en nombre de ETA al diario 'Gara' de que iba a estallar un coche bomba en la capital. El ministro del Interior, José Antonio Alonso, informó de los primeros datos del atentado después de estar 45 minutos reunido con el presidente del Gobierno, Rodríguez Zapatero. Según explicó, la bomba tenía entre 18 y 20 kilos de explosivos de fabricación artesanal, ya sea cloratita o amonal. Los terroristas la dejaron en el interior de una mochila, que fue lo que hizo que la Policía diera verosimilitud a la amenaza, que dejaron en el asiento trasero de una furgoneta Renault Express que fue robada en la noche del martes en la localidad madrileña de San Lorenzo de El Escorial.Ni siquiera cambiaron sus matrículas debido al poco tiempo transcurrido entre el robo y el atentado. De hecho, los etarras dejaron la furgoneta a las 7.00 horas, dos horas y media antes de la explosión, y cuando su robo ni siquiera había sido denunciado.
La Policía está revisando las cintas de las cámaras de seguridad de uno de los edificios cercanos, ya que una de ellas enfoca a la calle Alcalá y otra a la calle Rufino González. En la confluencia de ambas fue donde se produjo el atentado. La bomba estaba orientada a la acera de enfrente del lugar en el que los terroristas dejaron aparcada la furgoneta, aunque no han trascendido detalles de hipotéticos objetivos.
Las primeras informaciones hablaban de uno y tres heridos (dos de ellos trabajadores del concesionario frente al que fue aparcado el vehículo utilizado en el atentado), aunque finalmente el Samur informó de que fueron 52 las personas que tuvieron que ser atendidas, cinco por heridas de carácter leve.