La jornada electoral en el País Vasco trascurrió sin incidentes destacables y una participación, diez puntos menos que la registrada en los comicios celebrados en el 2001 y que al final del día fue de un 69 por ciento. La jornada electoral, se presentó nubosa y con algunas lluvias, intensa en algunas fases, desde el primeras horas del día.
Entre las incidencias menores registradas figura la presencia de personas con camisetas con las siglas inscritas del Partido Comunista de las Tierras Vascas (PCTV-EHAK) en algún colegio electoral.
A primera hora, la Ertzaintza retiró carteles en los que se pedía el voto para una determinada formación, lo cual está prohibido, de colegios de Guipúzcoa (en Zarauz, Rentería y Zumárraga) y Vizcaya (en Busturia).
En Vizcaya, en varios colegios de Bilbao, Santurce, Baracaldo, Urduliz, Guecho y Zarátamo algunas personas han portado camisetas con inscripciones de alguna formación política. Según la Policía Autónoma Vasca, no se han producido incidentes por este asunto ya que en la mayoría de los casos estas personas se han tapado las camisetas al ser requeridas a ello.
Además, seguidores del PCTV protagonizaron incidentes y la Ertzaintza tuvo que borrar pintadas alusivas a unas elecciones antidemocráticas».
Además, cuando la candidata popular María San Gil votaba en San Sebastián, dos jóvenes con pegatinas del Partido Comunista de las Tierras Vascas mostraron unos carteles con la inscripción «elecciones antidemocráticas», y simpatizantes de esa formación mostraron pancartas reivindicativas cuando el candidato de EB Javier Madrazo depositaba su voto en Bilbao. Asimismo, cuando el presidente del PNV, Josu Jon Imaz, se disponía a votar, tres jóvenes exhibieron carteles en los que acusaban a los miembros del PNV de ser «criados de los españoles».