El presidente del Gobierno, José Luis Rodríguez Zapatero, aseguró que todo lo que dijo el Gobierno del PP desde la tarde del 11-M con respecto a los atentados de Madrid fue «un engaño masivo» por mantener abierta la tesis de la autoría de ETA hasta el mismo día de las elecciones. De hecho, Zapatero, durante su comparecencia en la comisión del 11-M, aseguró que de las 25.000 evidencias que existen ninguna conduce a ETA y afirmó con rotundidad que la matanza de Madrid fue obra 'exclusiva' de terroristas islamistas. El presidente del Gobierno aseguró que las concentraciones ante las sedes del PP, que no llegó a condenar, fueron ajenas al PSOE. También tuvo tiempo de rebatir el testimonio de José María Aznar, al asegurar que, como líder entonces de la oposición propuso que se convocara una manifestación conjunta y una reunión del Pacto Antiterrorista.
«La preparación, autoría y responsabilidad de los atentados del 11-M corresponden en exclusiva al terrorismo islamista radical», dijo con rotundidad Zapatero (en la comparecencia más larga de esta investigación -14 horas y media- y en la primera ocasión en que un presidente del Gobierno comparece en una comisión de investigación) para descartar la colaboración de ETA en estos atentados. Ante la insistencia del portavoz del PP, Eduardo Zaplana, llegó a ofrecer un dato revelador: de las 25.000 evidencias o efectos y más de 1.300 huellas relacionadas con el 11-M «no ha habido nunca la presencia de ningún indicio, ya no digo cercano, sino ni siquiera remoto de etarras».
Para argumentar sus palabras, recurrió a varios informes policiales. En uno de ellos, se descarta la relación entre la trama de explosivos encabezada por Suárez Trashorras y el comando etarra que robó un coche en la calle en la que residía para atentar en Santander. Tampoco hay relación entre las dos caravanas de la muerte, la de ETA que fue interceptada con 600 kilos de explosivo y la de los autores del 11-M, que sí llegó a su destino.