Todos lo partidos politicos ganaron votos en las elecciones municipales del País Vasco. La mayor subida correspondió al PNV. Los nacionalistas incrementaron su mayoría en el ayuntamiento de Bilbao y subieron en Vitoria. Por su parte, el PSE mantiene la Alcaldía de San Sebastián y el PP conserva Vitoria, con problemas, y baja en las otras dos capitales vascas. En las capitale vascas todos los partidos subieron, debido al aumento de la participación y a la no concurrencia de Batasuna.
El PP y el PNV-EA empataron con nueve concejales en las elecciones municipales en el Ayuntamiento de Vitoria, mientras que el PSE-EE e la tercera fuerza más votada con siete ediles, y EB-IU obtiene dos, cuando se llevaba escrutado el 63 por ciento de los votos. La coalición PNV-EA y litas independientes capitalizaron gran parte de los votos de Batasuna en las localidades más pequeñas en las que ete partido era el mayoritario y ocupaba el Gobierno municipal antes de su ilegalización por el Tribunal Supremo. El voto nuló creció ma de 10 puntos tras la ilegalización de Batasuna.
Prescimente, la ilegalización de AuB protagonizó la mayoría de los incidentes electorales ocurridos en Euskadi. El portavoz de la ilegalizada Batasuna, Arnaldo Otegi, acudió a votar a las nueve y media de la mañana con el representante del Sinn Fein Clir Gerry Mc Lochlainn, y reclamó a los vascos que votaran por los abertzales de izquierda porque es «lo que hace daño a Aznar», para después exhibir la papeleta de AuB. Además, calificó de antidemocrática la campaña electoral, porque «nuestros mítines han sido reventados, ha habido un acoso policial permanente y detenciones».