El ministro de Administraciones Públicas, Javier Arenas, ha enviado a Ibarretxe una carta en la que le pregunta si el Gobierno vasco «ha optado o no por la ruptura del orden constitucional» como «cuestión previa» para negociar las transferencias pendientes, ya que es un asunto de «la mayor gravedad institucional». El ministro resalta en la misiva el «firme compromiso» del Gobierno con el «pleno desarrollo» del Estatuto de Autonomía vasco «dentro del marco de la Constitución», y asegura que el problema «no radica en la discrepancia sobre la asunción o el traspaso de una o unas competencias», sino en saber si los partidos nacionalistas «se sienten vinculados o no por el principio de lealtad constitucional».
El ministro considera «inaceptable» el emplazamiento del Parlamento Vasco para que se negocien las competencias pendientes en dos meses, en referencia a la resolución del pasado 12 de julio. Arenas cree «inconcebible» abordar una negociación sobre transferencias con la intención de ejercerlas plenamente si no se consigue un acuerdo con el Gobierno central en ese plazo, y tachó de «verdaderamente rechazable la pretensión unilateral de incorporar» a Navarra. Al final de esta carta, y refiriéndose a «otro orden de cuestiones», el ministro aludió también a la postura del Ejecutivo sobre el proceso de ilegalización de Batasuna, y consideró que «tendría un valor extraordinario que el Gobierno Vasco apoyara la aplicación de la Ley de Partidos».
El secretario de Estado de Organización Territorial, Gabriel Elorriaga, justificó la inclusión de este asunto en la misiva porque sería «anómalo» que el Gobierno no se interesase por la opinión del Ejecutivo vasco, aunque garantizó que las negociaciones para el traspaso de competencias no estarán condicionadas al apoyo del PNV en el Congreso al proceso de ilegalización de Batasuna. Por su parte, el Gobierno Vasco confirmó que ha recibido la carta del ministro y aseguró que «responderá oportunamente» a la misma, aunque por el momento no quiso efectuar más comentarios.
Desde el PSOE, su secretario de Organización, José Blanco, consideró que la carta de Arenas a Ibarretxe es «una torpeza» que se debe, en su opinión, a una «confusión de cargos», ya que el ministro compagina su cartera con la Secretaría General del PP. Para Blanco, «una cosa es el desarrollo del Estado autonómico» y otra «defender la democracia y la vida y acabar con la violencia», dos extremos que «no se pueden ni se deben confundir», y Arenas y el PP «muchas veces los confunden, y eso no es bueno ni para el Gobierno de España ni para los españoles» y tampoco para reforzar el clima de diálogo necesario con las comunidades autónomas.
También EA criticó la misiva del ministro, ya que, según Rafael Larreina «no es admisible en democracia vincular el cumplimiento de una Ley Orgánica (en referencia al Estatuto), que ha sido ratificada en referéndum por los ciudadanos, con intereses partidistas y el mercadeo político». Por su parte, el coordinador general de IU, Gaspar Llamazares, calificó de «despropósito» y «mezcla perversa» la «presión inaceptable» del Gobierno al PNV al «vincular» la transferencia de competencias «con la posición del PNV en torno a la ilegalización de Batasuna».