Salaberria aprovechó su intervención en el Parlamento vasco, durante el debate de una iniciativa relativo a la supresión de la insumisión como delito, algo que aprobó el jueves el Congreso, para dar su visión del terrorismo de ETA, que a su juicio no busca imponer ideas, como aseguran todos los partidos democráticos, sino defender «derechos legítimos que tiene el pueblo vasco». «Desvirtuando la naturaleza del conflicto no hay manera de buscar soluciones», dijo entre los abucheos de todos los grupos representados en el Parlamento de Vitoria. Pero las protestas de constitucionalistas y nacionalistas no le impidieron continuar; argumentó que «la lucha armada del IRA» se detuvo cuando el Gobierno británico reconoció el derecho de autodeterminación irlandés, al tiempo que acusó a la Guardia Civil de ser quienes imponen las armas, puesto que «permanece en Euskal Herria desde mucho antes de que ETA existiera».
En cuanto tuvo conocimiento de estas declaraciones, la Fiscalía General del Estado se puso manos a la obra para comprobar si puede interponer una querella contra Salaberria. El objeto de este estudio es comprobar si sus palabras están dentro de la inmunidad parlamentaria. Aunque un escaño da una libertad de expresión reforzada, la inmunidad no es absoluta. Eso sí, este es el argumento en el que ya se ha escudado Batasuna para considerarse fuera de la acción de la Fiscalía. La parlamentaria de Batasuna y también abogada Jone Goirizelaia aseguró que las palabras de su compañero Salaberria «están revestidas» por esta inmunidad, por lo que «no se puede ejercitar ningún tipo de actividad penal» contra el abertzale.
Sus declaraciones son, dijo, «una valoración política con la que se puede estar de acuerdo o no». «Estamos acostumbrados a que lo que dice Batasuna tiene una connotación y lo que argumentan los demás no», añadió. Lo cierto es que, al margen de lo que decida la Fiscalía, la defensa que Salaberria hizo de la lucha armada de ETA despertó las iras de todos los partidos políticos. El ministro portavoz del Gobierno, Pío Cabanillas, calificó los argumentos de Salaberria de «lamentables y despreciables». «El Gobierno, como todos los españoles sencillamente rechaza de plano cualquier intento absolutamente impresentable de justificar el asesinato, la extorsión, la violencia, el secuestro o las bombas», dijo en la rueda de prensa posterior al Consejo de Ministros.
Los portavoces de PP y PSE en el Parlamento vasco también mostraron su indignación y su deseo de que la Fiscalía intervenga. El popular Leopoldo Barreda aseguró que Salaberria hizo «una expresa legitimación de ETA y una reivindicación de sus agresiones contra la ciudadanía vasca», mientras que el socialista Rodolfo Ares tachó la intervención del parlamentario abertzale de «insulto a la sociedad vasca, a las víctimas del terrorismo y a la propia decencia del país».
El portavoz del PNV en el Congreso de los Diputados, Iñaki Anasagasti, aseguró que Salaberria hizo «una apología de la lucha armada y de la violencia terroristas», y aseguró que lo único que ha conseguido es dar «argumentos» a los que pretenden la ilegalización de la formación abertzale. El diputado de Batasuna en la Cámara vasca Jon Salaberria, fue condenado a un año de prisión en diciembre de 1997 por desórdenes públicos en Ordizia (Guipúzcoa) cometidos entre enero y mayo de 1995. Además, fue acusado de ser el responsable de los «comandos Y» de apoyo a ETA y eludió la prisión al depositar una fianza de 5 millones de pesetas. Asimismo, en julio de 2000, el juez Baltasar Garzón elevó exposición razonada al Tribunal Superior de Justicia del País Vasco contra Salaberria en el «caso Ekin».