El trágico suceso se produjo en torno a las 8.45 horas. Tres agentes de la Guardia Civil, de paisano, se encontraban persiguiendo a una banda de atracadores considerada muy peligrosa. Uno de sus miembros incluso era seguido desde la zona de Levante. Los agentes observaron que los delincuentes iban a cometer un atraco en una sucursal bancaria de La Caixa ubicada en el donostiarra Paseo de Larratxo. Fue entonces cuando se produjo la confusión. En el mismo sitio se encontraba la concejal socialista de Lezo Ainhoa Villanueva, junto con su escolta, Joseba Andoni U., delegado en Guipúzcoa de la Asociación Española de Escoltas, de 38 años y natural de Vera de Bidasoa (Navarra).
Confundió a los tres guardias civiles con terroristas y disparó, hiriendo a uno de los agentes en el muslo y en el pecho. Pese a que se encuentra herido de pronóstico reservado por la gran pérdida de sangre, la tragedia no fue aún mayor porque el agente llevaba chaleco antibalas. El agente herido fue evacuado al hospital donde fue operado del muslo izquierdo. Los tres guardias civiles repelieron los disparos, causando la muerte de Joseba Andoni U. El juez procedió al levantamiento del cadáver sobre las 11.30 horas. Los agentes detuvieron a tres personas, presumiblemente los delincuentes a los que perseguían, dentro de una operación que había sido autorizada por el Juzgado de Instrucción número 3 de la capital guipuzcoana.
La edil Ainhoa Villanua explicó que en ese momento no sabía «de dónde venían los tiros» y sólo intentó resguardarse. «Sólo he visto gente corriendo» y «todo fue muy rápido», agregó la edil socialista, visiblemente afectada por el fallecimiento de su escolta, de quien dijo que «ha muerto» por salvarle la vida y «ha hecho bien su trabajo», ya que ambos pensaron que se trataba de terroristas que iban a atentar contra ella. Se da la circunstancia de que el escolta fallecido iba a prestar ayer su último servicio de escolta a la edil socialista, por estrictas razones de seguridad.
Este es el relato de los hechos según fuentes del Ministerio del Interior, pero para el presidente de la Asociación Española de Escoltas, Vicente de la Cruz, «hasta ahora todo es muy confuso». Por este motivo, «para que se esclarezcan los hechos», anunció que la organización se personará en las actuaciones judiciales sobre esta desgraciada muerte. Según explicó, el tiroteo se produjo cuando el escolta realizaba su inspección diaria para recoger a la concejal socialista a la que prestaba protección. De la Cruz dijo que el escolta «murió por salvar la vida a la edil que protegía», porque desenfundó su arma después de oír pasos de carrera a su espalda y empujar contra un contenedor a su protegida.
De la Cruz recordó que «se han producido varios enfrentamientos a tiros en el País Vasco entre agentes de distintos cuerpos de seguridad», hechos achacables al «maremagnum» de personas armadas que prestan servicio en Euskadi y a «la falta de coordinación» entre ellas. El vicepresidente primero del Gobierno y ministro del Interior, Mariano Rajoy, calificó de «desgracia lamentable» el tiroteo registrado en San Sebastián en el que murió un escolta y dijo que «puedo suponer que en la situación de tensión que allí se vive pudo haber una dramática equivocación».