El juez de la Audiencia Nacional Baltasar Garzón ha procesado a los ex guardias civiles Felipe Bayo y Enrique Dorado como autores de los asesinatos de dos presuntos etarras y el de un ciudadano francés y por el intento de asesinato del hermano de éste último, en sendos atentados reivindicados por los GAL. Garzón considera que Bayo y Dorado cometieron estos atentados «cumpliendo órdenes de superiores»; pero acuerda levantar las imputaciones al ex general Enrique Rodríguez Galindo, al ex jefe del Estado Mayor de la Guardia Civil Andrés Cassinello, y al ex director del CESID Emilio Alonso Manglano, así como a Juan Alberto Perote, Pedro Gómez Nieto y José María Velázquez Soriano, porque no hay suficientes indicios contra ellos en el llamado «caso Oñaederra» o porque el delito de pertenencia a banda armada está prescrito para ellos.
A Dorado y Bayo, Garzón les procesa por un delito de integración en banda armada y por la autoría de los «asesinatos terroristas», en 1984 en el sur de Francia, de los etarras Angel Gurmindo Lizarraga y Vicente Perurena, así como el del francés Christian Olazkoaga y la tentativa de asesinato de su hermano Claude. Según explica el juez en relación con esta causa, para la que el fiscal pidió el sobreseimiento, en 1983 «varias personas integradas en la estructura de la formación política que gobernaba España, entre ellos Ricardo García Damborenea llegan a la conclusión de que se ha de actuar directamente y en forma violenta contra ETA en el sur de Francia una vez se tomara la decisión por 'quién correspondiera'».
Con este fin, el CESID elabora un proyecto que redacta el coronel Perote para entregárselo después a Manglano. En este documento se dice que estas acciones «deberán ser fruto de un severo análisis que lleve a la conclusión de que son necesarias y útiles». Finalmente se crean unos «Grupos Operativos» que se dividen entre los ubicados en la Jefatura de Policía de Bilbao, «con dependencia directa en la esfera política» "a través de Damborenea, Sancristóbal, Vera y Barrionuevo", y los que se encuentran en la Comandancia de Intxaurrondo que dependen de Galindo «en estrechísima relación con el CESID».
Tras el secuestro de Marey, es asesinado a tiros Ramón Oñaederra en un atentado reivindicado por los GAL en el que participó una persona vinculada a Intxaurrondo, aunque «no ha sido posible establecer» su identidad, dice Garzón.