El tribunal condena a Vera por quedarse con 141 millones de pesetas (847.427 euros) de las arcas públicas. y repartir otros 525 entre sus subordinados. De estos, el ex director de la Policía José María Rodríguez Colorado y el ex director de la Seguridad del Estado Julián Sancristóbal han sido condenados a seis y cuatro años. Al argumentar la absolución de Barrionuevo y Corcuera, la Sala señala que «sospechas hay, pero certeza de que los ministros conocían y consentían las sustracciones no». El Tribunal tiene en cuenta en su argumentación la declaración del presidente de la Xunta, Manuel Fraga, quien afirmó «que en siete meses en Interior tuvo más trabajo que en todos los años en que fue ministro de Turismo» y que «no se ocupaba de los fondos reservados porque ya lo hacían dos generales del Ejército».
Sobre los regalos de Corcuera a las esposas de funcionarios, considera que «no constituye delito de malversación» y toma en consideración, entre otros, el testimonios del ministro Federico Trillo, quien expuso que «los regalos eran costumbre y se hacían conforme a una tradición, asumida por todos». La condena más alta de las impuestas por el Tribunal recayó en Vera, que tendrá que pasar 7 años de prisión y 18 de inhabilitación absoluta un delito continuado de malversación. La Audiencia considera probado que el ex secretario de Estado desvió para su enriquecimiento personal al menos 847.427 euros y repartió 3.155.313 millones de euros entre Roldán, Rodríguez Colorado, Sancristóbal, Alvarez y López.
José María Rodríguez Colorado ha sido condenado a 6 años de cárcel e inhabilitación absoluta por tiempo de 15 años, mientras que Sancristóbal ha sido penado con 4 años de prisión e inhabilitación absoluta por 10 años, al aplicársele el atenuante de reparación del daño por devolver parte de lo sustraído. Además, el ex Mando Único para la Lucha Antiterrorista Francisco Àlvarez ha sido condenado a 11 meses de prisión e inhabilitación absoluta por 2 años y el ex gobernador Civil de Vizcaya Iñaki López a 10 meses de prisión e inhabilitación también por 2 años.
La sentencia explica que entre 1982 y 1993, la cuenta de fondos reservados de la Dirección de la Seguridad del Estado, luego Secretaría de Estado para la Seguridad, se incrementó todos los años en cantidades que oscilaron entre 500 y 1.500 millones de pesetas autorizados por Hacienda a petición del ministro del Interior. El total de la cuenta en esta etapa asciende a 16.300 millones de pesetas, de los cuales 10.015 correspondían a ampliaciones de crédito. Según el tribunal, estas contínuas modificaciones del presupuesto respondían a un «maquillaje» para cuadrar las cifras sin elevaciones sustanciales y se dedicaban a gastos de la Fiscalía Antidroga, Policía Judicial, protección de personas, entre ellas jueces y fiscales de la Audiencia Nacional, etc.
Pero el tribunal añade que también se utilizaba el dinero para pagar gratificaciones, fuera de nómina, a funcionarios de Interior, sustrayendo cantidades para el enriquecimiento personal de altos cargos del Ministerio. La resolución relata que no existía un control real externo sobre estas partidas por parte de órganos fiscalizadores, aunque se llevaba un libro donde se apuntaban genéricamente los conceptos a los que se dedicaba el dinero. Por razones de seguridad, el libro se destruía periódicamente, lo que posibilitaba sustraer los fondos.
La sentencia detalla que Vera invirtió el dinero que se quedó de los fondos resrevados en la compra, reforma y mejora de bienes inmuebles, valiéndose de su suegro como testaferro. Los bienes inmuebles citados son una finca en La Berzosilla, otras dos colindantes y la finca de 'El Relumbrar', en Albacete. El tribunal acordó el comiso y venta de la finca situada en La Berzosilla y 'El Relumbrar' para hacer frente a las responsabilidades civiles a las que ha sido condenado el ex alto cargo. Además, Vera tendrá que devolver al Estado algo más de 645 millones de pesetas.
En cuanto a Sancristóbal, la sentencia afirma que se quedó con 130 millones para él mismo, y le dió 14 millones a Roldán. La Audiencia entiende que Vera, Roldán y Rodríguez Colorado, acordaron hacerse con determinadas cantidades de dinero destinado a gastos reservados. Al abandonar el Ministerio, Roldán y Rodríguez Colorado se reunieron con Vera y acordaron recibir mensualmente cinco millones. Colorado recibió de Vera a partir de enero de 1990 al menos 65 millones, y Roldán, 355 millones.