El atentado se produjo a las 6 en punto de la madrugada del lunes , después de que se registraran sendas llamadas telefónicas a la DYA en Guipúzcoa y a una emisora de radio local de la capital alavesa en las que se informaba de la colocación de dicho coche bomba. Ambas llamadas se produjeron unos veinticinco minutos antes de la explosión, por lo que la zona pudo ser acordonada por la policía, aunque en la segunda de ellas el comunicante anónimo dijo que la explosión se iba a producir a las 6'30 y no a las 6 como se produjo y como se avisó en la primera llamada.
Este hecho, sobre el que la Ertzaintza no se ha pronunciado, hizo que el fuego que envolvió a los numerosos coches afectados por la explosión no pudiera empezar a ser sofocado hasta pasadas las 7'15 de la mañana. El coche bomba, un Renault 19 robado en la localidad vizcaína de Elorrio el 19 de septiembre pasado y que tenía las placas de matrícula «dobladas», correspondientes a otro vehículo, fue aparcado por los terroristas en uno de los laterales del Palacio de Justicia, en la avenida de Gasteiz de la capital alavesa, sin que, por el momento, se conozca cuándo.
La deflagración de los cuarenta kilos de dinamita «titadine», probablemente de la robada por ETA en Francia y activada con un temporizador, provocó un fortísimo estruendo que se escuchó en muchos puntos de Vitoria y daños materiales en el edificio judicial por valor de más de doscientos millones de pesetas, según las primeras estimaciones. Además resultaron totalmente calcinados diez vehículos que se encontraban aparcados cerca del coche bomba y otros tantos sufrieron daños de consideración. A unos cien metros del lugar de la explosión se encuentra ubicada una gasolinera que no ha sufrido daños.
Pese a que sólo una persona resultó con heridas leves al caerle un cristal cuando se acercaba al lugar para comprobar el estado de un vehículo, la onda expansiva provocó también numerosos daños en las viviendas cercanas al lugar, con la rotura de cristales y de persianas, así como con daños en marcos de ventanas y falsos techos. A primeras horas de la tarde, una treintena de personas ya habían presentado denuncias ante la Ertzaintza por los daños en sus viviendas o vehículos.
El de ayer es el primer atentado terrorista que se produce en Vitoria con coche bomba desde que el 22 de febrero del año 2000 hiciera explosión uno en el campus universitario, asesinado al portavoz del PSE-EE en el Parlamento Vasco, Fernando Buesa, y a su escolta, el ertzaina Jorge Díez. Además, este atentado es la undécima acción terrorista con coche bomba perpetrado en el País Vasco desde diciembre de 1999, tras la ruptura de la tregua por parte de ETA. A estos datos se le suma el hecho de que es el primer atentado de ETA tras el brutal ataque contra las Torres Gemelas y el Pentágono, hechos que han promovido una cruzada mundial contra el terrorismo. Para protestar por este nuevo acto terrorista, el lehendakari Ibarretxe ha convocado concentraciones silenciosas este mediodía frente a las sedes judiciales de Euskadi.