El ministro del Interior, Mariano Rajoy, reveló que José Javier Múgica había regresado en la noche del viernes a Leiza tras estar varios días de vacaciones, por lo que expresó su «firme convicción de que además del ejecutor, del verdugo, hay otras personas con mucha más responsabilidad, personas que viven aquí y sabían de sus costumbres». Aunque no quiso ser más explícito, quedó claro que habitantes de Leiza pasaron información sobre el concejal de UPN.
Tras reunirse en Leiza con la familia del edil asesinado y con los responsables del partido, Rajoy manifestó a los periodistas que con el atentado de ayer «una vez más la organización terrorista ETA demuestra lo que es, una banda asesina que no respeta lo más importante que tiene el ser humano que es su vida». El ministro informó de que la autoría del atentado parece corresponder «al entorno del comando Donosti» y que la bomba-lapa adosada al vehículo cuya explosión costó la vida de Múgica estaba compuesta por 3 kilos del Titadine robado en Grenoble, aunque no son datos confirmados porque los expertos continúan estudiando los restos.
Rajoy incidió en la circunstancia de que el concejal asesinado había pasado unos días fuera de Leiza, a donde había regresado a las 22.30 horas del viernes, por lo que insistió en su convicción de que hay «inductores directos e informadores, que son personas que viven aquí, que sabían de sus costumbres y hasta de sus actividades más próximas», por lo que tildó la acción de los supuestos informadores de «una perversión realmente insuperable». En cuanto a la situación que se vive en toda España con la sucesión de atentados de ETA, Rajoy afirmó que, desde su partido, «mantenemos la plena, total y absoluta confianza de que esta batalla, que es difícil y dura, se va a ganar.