La ausencia de incidentes graves fue la tónica general de los comicios vascos, los primeros en los que todas las mesas se constituyeron con normalidad a las nueve de la mañana, aunque en Getxo y en San Sebastián, la Ertzaintza identificó a algunos grupos de personas que se colocaron fuera de los colegios electorales «exhibiendo carteles e insultando», según informó el director de Procesos Electorales del Gobierno Vasco, Iñaki Alba.
El derribo de la puerta de un colegio electoral en Barakaldo (Vizcaya) por una dotación de la Ertzaintza para que pudiera constituirse a tiempo la mesa dado que el responsable de las instalaciones no tenía las llaves y el despiste de una mujer en Bilbao que, en plena polémica sobre la validez para votar del carné de identidad vasco, quiso hacerlo con su tarjeta del metro, fueron otras de las anécdotas de la jornada. Además, un joven de unos 23 años de edad se desnudó en Barakaldo cuando se disponía a votar, hecho que no pudo llevar a cabo en ese momento ya que se equivocó de mesa electoral.
Por otro lado, un anciano de 71 años falleció tras sufrir un infarto después de votar en Mungia (Vizcaya). En un colegio electoral de Bilbao, se produjo un altercado entre un medio de comunicación y un elector, cuando éste pidió a los periodistas que no le grabasen.
La Ertzaintza detuvo además a dos personas en el barrio bilbaíno de Deusto, una de ellas interventora de EH, al tratar de manifestarse en favor de los presos de ETA en un recinto electoral. Asimismo, en un colegio electoral de Vitoria, agentes autonómicos arrestaron a un individuo que rompió una urna, después de que el presidente de la mesa no le permitiese votar con el justificante de pérdida del documento nacional de identidad.