Mariano Rajoy se mostró «muy dolido» por la posición de la Conferencia Episcopal en el tema vasco y aseguró que «no es verdad» que el acuerdo sea únicamente un asunto político, ya que se trata de dar primacía a derechos individuales como la vida o la libertad. El dirigente popular consideró necesario que la Conferencia Episcopal ofrezca razones a los católicos sobre su negativa a sumarse al pacto antiterrorista, asegurando no entender los motivos que han provocado su decisión y argumentó que en cuanto al pacto la gran mayoría de ciudadanos y católicos exigen un pronunciamiento al respecto.
Además, explicó que la Iglesia no puede quitarse de en medio con el pretexto de que es un tema político, puesto que es una cuestión que afecta a la dignidad de las personas y a sus derechos individuales y «aquí no caben ni ambiguedades ni medias tintas». Con respecto a la situación del País Vasco, Rajoy hizo referencia a las manifestaciones del presidente del PNV, Xavier Arzalluz, calificando de «lamentables» sus planteamientos y afirmó no saber si hace ese «discurso tan radical porque se lo cree o porque intenta captar los votos de posibles votantes de HB».
El presidente del PNV, Xabier Arzalluz, contestó horas después a Rajoy asegurando que le parece «normal» que la Conferencia Episcopal no se adhiera al acuerdo antiterrorista firmado por PP y PSOE porque, a su entender, éste es un documento «puramente electoralista». El dirigente jeltzale se mostró sorprendido de que el vicepresidente del Gobierno y el secretario general del PSOE, José Luis Rodríguez Zapatero, «tengan esa obsesión de conseguir adhesiones» al acuerdo y agregó que si pretendían que el acuerdo fuera aceptado por todos, deberían haber llegado a acuerdo de forma previa.