Según informó el Ministerio del Interior, EKIN constituye parte del núcleo responsable de la nueva estructura de ETA, tras su reorganización durante la tregua. La operación ha estado dirigida por el juez Baltasar Garzón, quien se ha trasladado al País Vasco junto con el fiscal para coordinarla y ha contado con la colaboración de los juzgados locales.
Durante la misma, la policía detuvo a 20 personas en Vizcaya, Guipúzcoa, Navarra, Àlava y Madrid, entre ellos varios miembros de Jarrai, KAS y HB. También se procedió al registro de sus viviendas y de los despachos que utilizaban algunos de ellos en las sedes de HB-EH en Bilbao, San Sebastián y Pamplona. Todos los detenidos se encuadran en el entramado orgánico de ETA-EKIN, que compone la estructura responsable de la estrategia sobre atentados terroristas, la denominada kale borroka, la financiación y la dirección política de ETA en una auténtica «codirección» con la organización terrorista. EKIN son siglas adoptadas por el entramado orgánico de KAS, «tras la criminalización mediante auto dictado en 1998 por el juez Garzón». Con este auto, KAS fue declarada ilegal demostrándose que formaba junto a ETA la misma estructura criminal, con distribución de funciones complementarias que posibilitaban su «estrategia político-militar».
La operación policial, supervisada desde Bilbao por el director general de la policía, Juan Cotino, comenzó en su primera fase a las seis de la tarde del martes cuando se ultimaron los detalles de coordinación de los responsables de los distintos equipos, tanto de los agentes de información como de las unidades de intervención.
A partir de las dos de la madrugada, más de trescientos policías procedieron a las detenciones, entre las que destacan las de Ana Lizarralde, ex portavoz de Jarrai, Francisco Javier Alegría, concejal de Lezo, Jaime Iribarren, ex parlamentario foral de HB, y José María Matanzas, defensor de activistas de ETA.