La Agencia Tributaria rechaza devolver el IVA de las obras del Palacio de Congressos porque al estar financiadas íntegramente con dinero público se considera que es una concesión administrativa, que no permite la repercusión del impuesto. Hacienda sostiene que no puede calificarse de negocio jurídico patrimonial, que sí tiene ese derecho.
En el informe de auditoría de las cuentas anuales de Palau de Congressos de 2013 puede leerse como la sociedad reclama a Hacienda 3.728.585 euros de los ejercicios 2011, 2012 y 2013. Además, destaca «que están en inspección fiscal o en comprobación por parte de la Agencia Tributaria».
Palau ha interpuesto una reclamación ante el Tribunal Económico Administrativo central contra la denegación de Hacienda de devolver 3.187.566 euros del IVA de 2011 y de enero a abril de 2012. La sociedad, integrada por el Govern y Cort, defiende que alquilarán la infraestructura turística, por lo que sí pueden deducirse el IVA. Sin embargo, Hacienda lo ha rechazado argumentando siempre que la gestión y explotación conjunta de un complejo constituido por un hotel y un Palacio de Congresos se debe sacar por concesión al ser financiadas por instituciones públicas.