La creación del Consell de Formentera ha sido uno de los puntos más polémicos de la reforma del Estatut. La propuesta partió del diputado por Formentera, Josep Mayans, y de inmediato tuvo el respaldo del presidente del Govern, Jaume Matas. La oposición vio con recelos este nuevo consell, pero finalmente todos los grupos han asumido la necesidad de crear la institución que equiparará a Formentera con el resto de islas. Cuando parecía que el Consell de Formentera no sería un tema controvertido, los grupos de la oposición rechazaron la propuesta del PP de impulsar la institución tras las elecciones de mayo de 2007. El PP calificó de innegociable el retraso de la puesta en marcha del Consell de Formentera, unas posiciones que provocaron inestabilidad en la negociación del Estatut.
Sin embargo, un nuevo panorama se ha abierto para el Consell de Formentera. La decisión del president del Govern de impulsar una ley que determine las competencias que deben ser transferidas tras las elecciones, despeja muchas incógnitas que habían planteado los portavoces de la oposición. Para empezar, el nuevo Consell de Formentera funcionará prácticamente a pleno rendimiento desde el momento de su creación. No habrá ningún periodo transitorio ni un vacío de poder en el nuevo Consell. Si se cumplen los planes de Matas y del alcalde Isidor Torres, el nuevo Consell comenzará a gestionar las competencias desde el mismo momento de su creación. Por lo tanto, Matas y Torres han despejado una de las incógnitas pendientes en la recta final de la negociación del Estatut. Si se cumplen los planes del president del Govern y del alcalde de Formentera, no hay motivos para que el nuevo Consell sea un obstáculo para el acuerdo del Estatut.