El Ministerio de Medio Ambiente está investigando la compra de la finca de Raixa, acordada entre Jaume Matas y Maria Antònia Munar en diciembre de 2001, y mantendrá congelada cualquier actuación que pudiera estar prevista hasta que haya quedado «totalmente aclarada». La propia ministra de Medio Ambiente, Cristina Narbona, confirmó estos extremos a Ultima Hora y explicó que en los próximos días se trasladará a Palma un alto cargo de su departamento para reunirse con las autoridades de Balears y «reconducir» los acuerdos. El Ministerio de Medio Ambiente, dirigido entonces por el actual president Jaume Matas, transfirió seis millones de euros (1.000 millones de las antiguas pesetas) de la Fundación Parques Nacionales al Consell de Mallorca para que adquiriera la finca.
El Ministerio conoció oficialmente la operación de la compra de Raixa, a raíz de una auditoría sobre la Fundación de Parques Nacionales. Según Cristina Narbona «la Fundación Parques Nacionales tendrá que ser reorientada de una forma más correcta ya que sus actividades, pese al nombre, poco tenían que ver con la actividad de los parques nacionales de toda España». La ministra, además, ha revelado que «hemos hallado problemas de gestión y adecuación a sus objetivos». Raixa fue, desde su compra y durante la época de Matas como ministro, sede de la Fundación de Parques Nacionales. La sustituta de Matas en el ministerio, Elvira Rodríguez (PP) suspendió este acuerdo y revocó algunas decisisiones anteriores.
Con la llegada del PSOE al Gobierno, todos los ministerios, de forma sigilosa, investigaron el estado de cuentas de los departamentos y, sobre todo, de las fundaciones autónomas. El Ministerio de Medio Ambiente tiene dos fundaciones, la de Parques Nacionales (que se está auditando ahora) y la Fundación Biodiversidad, que ya fue auditada. Aunque la compró el Consell con dinero de Medio Ambiente, la propiedad es del Consell y la auditada fundación en virtud de los acuerdos de 2001. El Ministerio de Medio Ambiente debía hacerse cargo de los gastos de rehabilitación. Ahora quiere «reconducir» la operación.