En el nuevo mapa elaborado por el Govern plantea la protección de 139 zonas entre LIC y ZEPA frente a las 84 de la propuesta anterior. Estas zonas se incluirán en la Red Natura 2000 de la Unión Europea. De hecho, la comisaria europea de Medio Ambiente, Margot Wallström, censuró en junio del año 2000 al Govern por el bajo grado de protección de los espacios naturales de Balears, que en ese momento no llegaban ni al 5 por ciento cuando el mínimo exigido era el 16 por ciento. El Govern del Pacte modificó el mapa de protección, pero la nueva propuesta tampoco fue aceptada por la Unión Europea.
El mapa elaborado ahora por el Govern de Matas, que «salva» 111.168 hectáreas terrestres y 91.135 hectáreas marinas, podrá ser alegada por los ciudadanos de Balears. La propuesta del Govern supera, incluso, el grado de protección que ha presentado Cataluña. Además, entre las principales modificaciones en relación a la propuesta anterior se incluye una figura de protección que preserve de manera transitoria los espacios elegidos por su valor paisajístico.
La confección de la Red Natura 2000 persigue mantener o restablecer, en un estado de conservación favorable, el hábitat de las especies de su área de distribución natural en el territorio de la UE. De hecho, la declaración de zonas ZEPA permitió hace ya más de diez años la protección total de ses Salines de Eivissa cuando el Parlament acordó desprotegerla a través del cambio de la LEN.