Cerca de medio centenar de altos cargos de Balears dependen de forma directa del Gobierno, por lo que su continuidad o su relevo estará en manos del nuevo equipo de ministros que nombre José Luis Rodríguez Zapatero. Si bien la mayor parte de los cargos presenta características técnicas y, por ello, es muy improbable que se produzca el relevo, una minoría quedará afectada por el cambio de Gobierno en Madrid por su clara significación política. El caso más claro de todos es el del delegado del Gobierno en Balears que es nombrado directamente por el Consejo de Ministros. Miquel Ramis dejará este puesto poco más de un año después de ser nombrado en sustitución de Catalina Cirer. A pesar de que no hay nada decidido, todo apunta a que su sucesor podría ser el socialista Joan Mesquida.
Otros dos cambios seguros en el organigrama de la Administración del Estado en Balears son los de los respectivos directores insulares de Eivissa y Menorca, María Encarnación Sánchez-Jáuregui y Juana Francisca Pols Vila. A diferencia de estos dos cargos, el presidente de la Autoritat Portuària de Balears, Joan Verger, tiene garantizado que seguirá en el puesto hasta que finalice la presente legislatura autonómica ya que es uno de los pocos cargos que nombra el Gobierno a propuesta del Govern balear. Para ocupar la mayor parte de los puestos de responsabilidad en la Administración del Estado en las Islas es requisito indispensable ser funcionario de la Administración con un nivel determinado, por lo que las sustituciones serán muy limitadas, con casi toda probabilidad.
Tan sólo aquellos cargos que ocupan personas claramente vinculadas al PP serán sustituidos con casi toda probabilidad. En esta situación se encuentran, por ejemplo, el jefe de la Demarcación de Costas, Fernando Garrido, que depende del Ministerio de Medio Ambiente. Otro de los cambios más que probables es el de la directora del Àrea Funcional de Alta Inspección de Educación en Balears, cargo que ocupa Francisca Estaràs, a la postre hermana de la vicepresidenta del Govern, Rosa Estaràs. También es más que probable la salida del secretario general de la Delegación del Gobierno en Balears, Felio Bauzà, considerado la mano derecha del delegado.