Balears también aporta a la Unión Europea mucho más dinero del que recibe en inversiones comunitarias. Según un estudio realizado los economistas Eugeni Aguiló y Joan Rosselló, y que ha sido remitido al Parlament para su análisis, Balears tiene un saldo negativo de unos 20.000 millones de pesetas anuales con las instituciones europeas. Los autores del estudio apuntan que los datos «ponen de manifiesto que Balears no sólo ayuda a mejorar el bienestar de las regiones europeas, con un saldo fiscal negativo de un 7 por ciento del Producto Interior Bruto de las Islas, sino que también contribuye al bienestar de otras regiones europeas».
El informe remitido al Parlament analiza el periodo entre 1997 y 1999, y que amplía un estudio anterior. Para Aguiló y Rosselló «es bastante evidente y está probado que Balears tiene un saldo negativo en sus relaciones financieras con la Unión Europea y que este saldo es de 20.000 millones de pesetas». «Sobre la posible interpretación de estos resultados hay que hacer matizaciones. En primer lugar "señala el estudio" estos resultados no se pueden considerar como el saldo de la balanza fiscal de Balears con la Unión Europea. Es muy probable que el saldo fiscal dé un valor muy inferior porque la partida de transferencias aumentaría al tener en cuenta determinados gastos como el Parlamento Europeo, los gastos de la Comisión, el gasto en política de la Unión Europea, los de cooperación internacional, la cooperación con el BEI, el BERD, etcétera».
Para calcular el dinero que aporta Balears a la Unión Europea, el estudio ha tenido en cuenta los derechos de aduanas, los impuestos agrícolas, las cotizaciones sobre producción y almacenamiento de azúcar y glucosa, los recursos propios de IVA y las aportaciones al Producto Nacional Bruto. Durante los últimos años, y según los datos computados, el balance resulta muy desfavorable para Balears. En 1997 las Islas aportaron al presupuesto de la Unión Europea 27.827 millones de pesetas, aproximadamente; en 1998 la cantidad transferida alcanzó los 30.413 millones y, en 1999, la aportación fue de 32.823 millones de pesetas. En cambio, y a pesar de que durante los últimos años las transferencias de la Unión Europea hacia Balears han aumentado, las Islas reciben mucho menos de lo que aportan. Las Islas se beneficiaron en 1997 entre el FEDER, el FSE, el FEOGA, los fondos de cohesión y el FEOGA"Garantia de 7.645 millones. Un año después Balears obtuvo de las arcas de Bruselas 13.160 millones, un importante incremento en relación a otros ejercicios. En 1999, la Unión Europea aumentó sus inversiones en Balears, que se elevaron a 17.525 millones de pesetas.