El Insalud, como ya pasara con la Fundación Hospital de Manacor, ha inscrito la nueva fundación hospitalaria correspondiente al Hospital de Son Llàtzer en Madrid. Los servicios jurídicos de la Comunitat consideran este hecho irregular y defienden que debe inscribirse en el registro de fundaciones de Balears. Los sindicatos señalan que se trata de una medida dirigida a eludir el control por parte de la Comunitat Autònoma mientras que desde la Conselleria de Sanitat i Consum se critica el «desprecio» que el Insalud y Madrid practican, una vez más, a la autonomía balear. Por su parte, el Insalud defiende la legalidad de la inscripción de la fundación en el registro estatal.
El Govern mantiene que tanto la Fundación Hospital de Manacor como la Fundación Hospital de Son Llàtzer son competencia balear y no estatal en cuanto que desarrollan su actividad en las Islas y, en este sentido, solicitan que se den de baja en Madrid y se «sometan» a las leyes de Balears (al Registro de Fundaciones de la Comunitat Autònoma).
En función del informe jurídico que en su día realizaron los servicios jurídicos de la Comunitat Autónoma sobre la Fundación Hospital de Manacor "y que es plenamente extrapolable hoy a la Fundación Hospital de Son Llàtzer" esta «ilegalidad» podría llevar al Govern, en caso de que no se subsanase la situación, a someter la actuación de estas fundaciones a las normas registrales de las Islas y darles de baja en el registro estatal.
En concreto, sobre la Fundación Hospital de Manacor, el director general de Patrimoni del Govern, en su último escrito al director territorial del Insalud le advertía de que «la entidad denominada Fundación Hospital de Manacor está ausente de personalidad jurídica y no puede utilizar en su nomenclatura la palabra fundación» dado su incumplimiento de la legislación vigente en materia de fundaciones de las Islas. Al mismo tiempo, se indicaba al Insalud que al no estar inscrita en «el correspondiente registro de fundaciones, no ha adquirido ningún derecho a disfrutar de los incentivos fiscales a que las fundaciones privadas tienen derecho».