Las obras de Son Llàtzer se están efectuando al margen de la legalidad desde el 29 de agosto de 1998, cuando expiró la licencia de obras que había concedido el Ajuntament de Palma en 1996. La Gerencia de Urbanismo de Cort no ha prorrogado este permiso desde dicha fecha, según constata la documentación oficial. La falta de licencia de obras podría suponer una fuerte sanción económica al Insalud como máximo responsable de las obras de este hospital, como así han coincidido diversas fuentes consultadas.
El regidor Rafel Vidal, responsable en Cort del área de Urbanismo, ha desmentido que la licencia no hubiese sido renovada pero no ha aportada ninguna prueba que sustente su afirmación. En cambio, el grupo socialista del Ajuntament de Palma ha presentado pruebas documentales oficiales en las que demuestra que, a lo largo de dos años y medio, las obras de Son Llàtzer se han realizado sin las autorizaciones municipales pertinentes.
Según diversas fuentes municipales y sanitarias, esta situación puede afectar directamente a la ejecución del centro ya que se han ido realizando cambios en las obras previstas inicialmente y autorizadas por el Ajuntament y que se basaban en un plan funcional de 1991. De esta forma, con los cambios de obras respecto al proyecto inicial, se podría haber superado el alcance del permiso municipal. Entre las condiciones específicas de la licencia se constata que «la modificación de cualquiera de los parámetros del proyecto está sujeta a una nueva licencia municipal previa, que podrá concederse o denegarse de acuerdo con el PGOU».
Las principales modificaciones, según reconoce el Insalud balear, han estado vinculadas a los accesos hospitalarios y a los aparcamientos del centro. En la actualidad esta dificultad no ha sido solucionada todavía. Cort "responsable de definir estos accesos" ha pedido la realización del proyecto a la Conselleria de Foment, quien ha aceptado el encargo con la condición que el Ajuntament garantice la financiación.