El servicio médico del aeropuerto de Palma de Mallorca está operativo las 24 horas del día, durante los 365 días del año. El equipo de guardia está compuesto por un médico de urgencias, un diplomado universitario en Enfermería y un conductor de ambulancias, aunque el número de profesionales se ve incrementado cuando el tráfico de pasajeros así lo demanda.
La sistemática de trabajo de un servicio de urgencias médicas de un aeropuerto responde a un trabajo no programado, surge cuando existe la urgencia. Como característica propia de los aeropuertos, como el de Son Sant Joan, se puede destacar que hay que diagnosticar rápidamente qué patología posee el pasajero y efectuar un pronóstico para saber si está indicado o contraindicado el vuelo, y la aplicación de un tratamiento de urgencia si lo requiere.
Para facilitar esta tarea, en Son Sant Joan existen dos centros asistenciales, uno en la planta de facturación, que da cobertura al edificio terminal y otro en las pistas, en zona restringida, que da cobertura a lo que se denomina «lado aire». Además, también se cuenta con unas instalaciones sanitarias ubicadas en el Módulo A, preparadas para los casos de emergencia mayores de catástrofe aérea o similar. Las instalaciones están dotadas con modernos equipos de tratamiento y diagnóstico urgente. El servicio posee dos ambulancias, una de ellas de Soporte Vital Avanzado con los últimos avances tecnológicos y un vehículo eléctrico para el interior de las terminales.