El Gobierno central ha encargado un informe para saber si el proyecto de ecotasa aprobado por el Govern es legal. El Ministerio de Administraciones Públicas, el departamento encargado de controlar toda la actividad legislativa de las comunidades autónomas, ha solicitado al Ministerio de Economía que analice si el Ejecutivo autonómico puede poner en marcha un impuesto que grava la estancia en los hoteles de Balears.
Según ha trascendido en los departamentos jurídicos del Govern, la intención del Ministerio de Economía es realizar únicamente un informe verbal sobre el impuesto. El Govern entiende que la postura inicial del Ministerio de Economía puede evitar que el Gobierno central presente un recurso de inconstitucionalidad contra la ecotasa una vez que el impuesto sea tramitado y aprobado por el Parlament balear. Sin embargo, la decisión del Ministerio de Administraciones Públicas de encargar un informe sobre la ecotasa, dos semanas después de que el texto haya sido aprobado por el Govern, ha causado malestar en el gabinete que preside Francesc Antich. El Govern ve una intencionalidad política del Gobierno de Aznar en contra la ecotasa, aunque fuentes de la Conselleria d'Hisenda creen que Madrid no podrá encontrar ningún indicio de ilegalidad en el impuesto ante la rigurosidad técnica y legal del proyecto de ley.
El Gobierno central mantiene una postura contradictoria en relación a la ecotasa. Mientras el ministro de Medio Ambiente, Jaume Matas, critica la ecotasa por injusta, el titular de Economia, Rodrigo Rato, aseguró en una visita a Palma que el Govern se había metido en un lío al querer aprobar dicho impuesto. El Ejecutivo ya manifestó su malestar contra el Gobierno central cuando el Tribunal Superior de Justicia de Balears decidió anular la suspensión del decreto de protocolo.