Con el fallo de la Corte de Apelaciones de Santiago, el ex dictador queda otra vez a las puertas de ser procesado y de afrontar nuevamente al juez Juan Guzmán, que lo enjuició el 29 de enero de 2001 por 75 crímenes de la llamada «Caravana de la muerte», causa en la que finalmente fue exonerado «por demencia».
Esta vez, Guzmán tramitó el desafuero de Pinochet como parte de la investigación que lleva desde 1998 por la desaparición de chilenos que fueron detenidos en los países vecinos, víctimas de la coordinación de los servicios de información de las dictaduras de Sudamérica en los años 70, en la llamada «Operación Cóndor».
La decisión de la Corte de Apelaciones chilena fue tomada por 14 votos contra nueve. Aunque renunció a su cargo como senador vitalicio, Pinochet está protegido por un fuero especial que le otorgó el Parlamento después de reconocer su calidad de ex gobernante (1973-1990). El 1 de julio de 2002 la Corte Suprema había exonerado definitivamente al ex general por «demencia progresiva e incurable» en el caso «Caravana de la Muerte», fallo que le había protegido en dos procesos de desafuero.
En este contexto, el dictamen del tribunal de alzada, el primero en contra de Pinochet tras ser declarado incapacitado por razones de salud, sorprendió a todos los sectores, especialmente a las organizaciones defensoras de los derechos humanos, pero también a su defensa. El dictamen fue recibido con júbilo y aplausos por los más de 60 familiares de detenidos desaparecidos que acudieron a los tribunales y decenas de estudiantes de Derecho que instalaron pancartas para expresar su apoyo al desafuero del ex dictador.