Durante los comicios se registraron menos de una docena de incidentes pero en uno de ellos en el oeste del territorio, un empleado local de la Misión de Naciones Unidas (MINUTO) fue asesinado a cuchilladas por los milicianos, que le acusaban de parcialidad en favor de los independentistas. El asesinato se produjo en la localidad de Atsabe, a 35 kilómetros al suroeste de Dili. Asimismo, en el plano de incidentes, dos miembros de las Naciones Unidas encargados de supervisar el referéndum heridos de bala cerca de un colegio electoral, según anunció un portavoz de la ONU.
Los dos miembros de la misión de la ONU para Timor Oriental (UNAMET) resultaron heridos cuando controlaban las operaciones de votación en Gleno, a 35 kilómetros al suroeste de Dili, capital de Timor Oriental, añadió el portavoz de la UNAMET. Los resultados del escrutinio, retrasado en dos ocasiones por falta de seguridad, no se conocerán hasta dentro de una semana, pero el impresionante valor y determinación manifestados por el pueblo permiten pensar que el fin de la ocupación indonesia ha llegado. «Sea cual fuere el resultado, el águila de la libertad desplegó sus alas sobre el pueblo de Timor Oriental y, si Dios quiere, nada podrá pararle», declaró al final del día Jamshid Marker, el representante especial del secretario general de la Naciones Unidas, Kofi Annan en la consulta.
Según las estimaciones de Naciones Unidas, la tasa de participación será del 90 por ciento, un resultado que constituye ya un fracaso para las milicias pro indonesias que decidieron que la votación no tendría lugar o no sería significativa.
La población estaba allí. Jóvenes, viejos, niños, grupos de mujeres demasiado elegantes. Desde el amanecer llegaron, tras andar kilómetros, con los niños y apretando en sus manos el preciado documento que les permitiría votar, y que les servía para protegerse del sol.