El Govern balear y la Orden de Malta acaban de firmar un convenio por el que el primero se compromete a subvencionar con 535.000 euros la restauración de la iglesia de San Juan de Malta y el estrecho edificio adyacente a la misma, situados en la zona de sa Llonja, en Palma, que necesita una urgente reparación. La techumbre se encuentra en muy mal estado, en el interior hay humedades y la piedra del exterior ha ido adquiriendo un tenebroso color negro. La obra ha sido presupuestada en un millón de euros. José Ferre, tesorero de la Orden de Malta, explicó que esta entidad se «ha comprometido» con el Obispado, propietario del templo, a sufragar el medio millón restante. A cambio, la Diócesis le cede el uso de un local para oficinas en el citado edificio y la utilización de la iglesia para que la Orden celebre sus ceremonias. Ferre señala que la rehabilitación, que dirigirá el arquitecto Juan Cotoner, implica «la consolidación de las estructuras, el derribo del edificio anexo, el cambio de tejados y la restauración de fachadas». La planta baja de este edificio, que también se halla en muy malas condiciones, acoge la sacristía, que con la reforma quedará en el mismo lugar. Sobre ella estará la oficina de la Orden y en el piso más alto se construirá un apartamento para uso de los Teatinos, que son quienes llevan el culto en el templo por encargo del Obispado. El inmueble perderá una altura. Según los datos recogidos por Juan Cotoner en un libro del historiador Miquel Durán Pastor, el campanario se trasladó a este edificio tras una reforma realizada en 1957. De momento, la Comisión de Centro Histórico no ha concedido permiso para reubicarlo. «Nos han pedido más documentación», dice Cotoner mostrando una foto extraída del volumen de Durán en la que el campanario aparece sobre un lateral de la iglesia.
Sant Joan de Malta fue construida por los miembros de esta orden hospitalaria en el siglo XIII en unos terrenos cedidos por el rey Jaume I en los que también se levantaron un hospital y una casa. En origen fue un pequeño oratorio. En el XVIII sufrió una reforma que transformó radicalmente el aspecto del templo primitivo, según explica Duran pastor en su libro y también según la Gran Enciclopedia de Mallorca.
De planta rectangular, es de nave única cubierta por bóveda de medio cañón a la que se abren las capillas laterales. En el Catálogo de Protección de Edificios y Elementos Históricos del Ajuntament de Palma, donde consta con protección A1, se especifica que «el valor de esta pequeña iglesia, a parte de sus orígenes históricos, está en que es un elemento que pertenece al modelo barroco, después de la profunda reforma sufrida, y en la simplicidad y sencillez con que sus elementos, tanto interiores como exteriores, adoptan las características tipológicas de este estilo». En su fachada principal hay una imagen de Sant Joan, que no es la original ya que ésta se retiró después de ser restaurada en 1990.