Mientras continúan las obras de rehabilitación en el Museu Diocesà, la historiadora del arte Lidia Homs elabora el plan museográfico de este espacio, que se dedicará a mostrar la historia de la religión y de la religiosidad en Mallorca a través de pintura, retablos y escultura, principalmente. También habrá papel, tejidos, mobiliario, ex votos y otros elementos de devoción y liturgia. El museo, que aumentará el número de salas respecto a su perímetro anterior, ocupará parte del Palau del Bisbe, pero, en esta nueva etapa, se ubicará en dos plantas. Lidia Homs explica que «al estar dedicado a la historia de la religión tiene que tener un itinerario cronológico aunque siempre en relación con los artistas de cada época».
Se exhibirán piezas de la propia colección y otras que ceden en depósito iglesias y monasterios «aunque yo soy partidaria de no desvalijar ningún centro», dice Homs, por lo que «no nos llevaremos piezas emblemáticas de los mismos». La estrella del museo será el retablo de Sant Jordi de Pere Niçart, ya restaurado por José Maria Pardo. El recorrido comenzará en el periodo paleocristiano, «del que no tenemos muchas piezas», para continuar con la época de repoblament, arte medieval y arte moderno.
Aunque se pensaba dejar a la vista, cubiertos con un cristal, los restos arqueológicos surgidos en la excavación previa a la restauración del edificio, catalogado como Bien de Interés Cultural (BIC), problemas estructurales lo impedirán, «pero habrá un acceso para los investigadores». Los grafittis y pinturas murales que aparecieron entonces sí quedarán a la vista. El Corredor de Cirios que se desmontó en la Seu cuando la reforma de Gaudí, del que se conservan trozos originales en el museo, se montará «para que mediante una recreación el público pueda comprender cómo era». Estas piezas de madera labrada estuvieron en su día en la parte alta del ábside principal de la Catedral.