La «normalidad» en la constitución de las mesas y apertura de los colegios electorales, llamadas a la participación y algunos incidentes en el País Vasco y Navarra coincidiendo con la votación de algunos políticos marcaron el inicio de la jornada electoral, en la que los principales líderes madrugaron para votar. En la comparecencia del Gobierno para dar cuenta del arranque de estos comicios municipales y autonómicos, el secretario de Estado de Comunicación, Fernando Moraleda, y el subsecretario del Ministerio del Interior, Justo Zambrana, destacaron que no se había producido «ninguna incidencia» salvo las «habituales». Entre ellas, citaron el sellado con silicona de puertas de algún colegio o la ausencia de alguna papeleta o del censo. También se refirieron a la aparición de papeletas de ANV en Vitoria que fueron retiradas rápidamente.
Los principales candidatos y políticos vascos, como los socialistas Patxi López y Odón Elorza, el presidente del PNV, Josu Jon Imaz, o el líder de EB-Aralar, Javier Madrazo, votaron acosados por simpatizantes de la izquierda abertzale que profirieron gritos de «pucherazo», uno de los cuales fue detenido en Bilbao. La Guardia Civil formuló 29 denuncias en Navarra por incidentes relacionados con ANV. Según informó la delegación del Gobierno en Navarra, a las once denuncias interpuestas en las primeras horas, siete de ellas tras disolver a un grupo de jóvenes que pretendían entrar «en actitud agresiva« en un colegio electoral de Barañáin con camisetas de ANV, se sumaron otras nueve en Ansoáin, por la exhibición de propaganda electoral de ANV.
La violencia también estuvo presente en las horas previas al inicio de la jornada electoral. Así, varios desconocidos lanzaron de madrugada cócteles molotov contra la Subdelegación del Gobierno en Vitoria y piedras a la sede del PP de Llodio (Alava) y en Usurbil (Guipúzcoa) a una sede de Eusko Alkartasuna. Las Fuerzas de Seguridad ya tenían previsto que pudieran ocurrir estas situaciones en algunas zonas del norte y por eso estaban preparadas, señaló el director general de la Policía y de la Guardia Civil, Joan Mesquida, quien deseó que estos «incidentes puntuales» no tengan «relevancia a la hora de analizar el día electoral». El portavoz de la ilegalizada Batasuna, Arnaldo Otegi, afirmó que «es la izquierda abertzale la que sale fortalecida de esta contienda electoral» y por eso consideró que, a partir de ahora, «las cosas deberán encaminarse, no por la represión, sino por estrategias eficaces que busquen la solución política al conflicto». Otegi declaró en conferencia de prensa, en la que no se admitieron preguntas, que, aunque no se conocían aún los resultados definitivos, «hay tendencias claras en el panorama electoral y político». En este sentido, apuntó que «se han celebrado unas elecciones absolutamente antidemocráticas en las que se ha intentando acallar a un sector de votantes de este país con la ilegalización de centenares de listas para intentar hacer creer que este sector no existe».