Dura respuesta del nacionalismo democrático y la izquierda abertzale a la operación desplegada contra 'Egunkaria'. Miembros de ambos bandos tacharon la decisión judicial como antidemocrática y, como un ataque «desde Madrid» a la cultura vasca. El Gobierno, en cambio, lo tiene claro: el diario es un instrumento de ETA y su cierre es una medida que contribuye a luchar por la libertad. Desde el PSOE, sorpresa por la relación de 'Egunkaria' con ETA, pero también críticas a PNV y EA por decir que esta medida supone un ataque al Estado de Derecho. El portavoz del PNV, Joseba Egibar, cree que es una medida propia de Estados totalitarios, una estrategia diseñada desde el Gobierno central para asociar el euskera a ETA y para evitar Batasuna y el propio idioma «tengan un medio de comunicación que pueda propagar determinadas ideas».
El presidente del PNV en Guipúzcoa, Juan Mari Juaristi, tachó la operación de «agresión en toda regla» al nacionalismo. «Consideramos que esta operación pretenden poner bajo sospecha al euskera y a los medios de comunicación que trabajan en euskera». EA coincide con el PNV. Su presidenta, Begoña Errazti, cree que no se puede clausurar un medio de comunicación «por una teórica y por demostrar responsabilidad individual». Y lo mismo opina el tercer socio del Gobierno vasco, IU-EB que acusó al PP de tener una estrategia contra el mundo nacionalista para conseguir más respaldo en las municipales.
La izquierda abertzale ha reaccionado de similar forma. Batasuna enmarcó la operación en «un ataque estratégico de Madrid contra el pueblo vasco». Aralar, formación escindida de Batasuna, aseguró que la operación es «antidemocrática, injustificada y desproporcionada». Pero el Gobierno tiene claro que estos argumentos no se ajustan a la realidad. «Cada vez que la Guardia Civil hace operaciones de este tipo, algunos dicen que es en contra de lo vasco, los vascos y la lengua vasca, pero se equivocan porque no es así», dijo el ministro del Interior, Angel Acebes, que añadió que se trata de una operación «en defensa de la libertada de los vascos». Lo mismo dijo el ministro de Justicia, José María Michavila, que sentenció que 'Egunkaria' «es un instrumento de la acción terrorista».